Рубрика

Норма кала: Консистенция кала у взрослых: норма и патология

Содержание

Можно ли по калу определить заболевание кишечника?

 

Во время приёма гастроэнтеролога на вопрос: "Давно ли вы обращали внимание на результат работы желудочно-кишечного тракта?", многие пациенты, краснея, отводят глаза. Это не стыдно!

По нашему мнению гораздо печальнее, если вы никогда не смотрели на свой кал. Такие наблюдения являются очень важным методом самодиагностики и диагностики в целом. Главенствующим является именно периодическое наблюдение, а не один единственный взгляд на стул утром перед визитом к врачу.

Изменение параметров стула является одним из основных симптомов большинства заболеваний кишечника и желудочно-кишечного тракта в целом.

Показатели, на которые следует обращать внимание при самодиагностике по стулу:

  • частота в день и в неделю;
  • консистенция и объем;
  • изменение частоты и консистенции стула, в сравнении с тем, как было раньше, когда в животе царило спокойствие и умиротворение;
  • примеси в кале и его цвет;
  • случаи безрезультатных или избыточных позывов к опорожнению кишечника;
  • отсутствие позывов к дефекации или ощущение неполного опорожнения кишечника.

Не нужно искать проблему там, где её нет, и уж точно не стоит закрывать глаза на тревожные симптомы. Для определения того, что является нормой важно понимать, что каждый организм индивидуален!

Нормальные характеристики стула

  1. Частота - в день обычно составляет 1-2 раза, в неделю - от 3 до 7 раз.
  2. Консистенция стула, для быстрой ориентировки в ней пациента и врача используется Бристольская шкала, которая была опубликована ещё в 1997 году. Давайте, познакомимся с ней поближе. В зависимости от рациона питания, количества клетчатки, воды стул в норме может варьироваться от 3 до 5 типа.
  3. Стабильность стула, пожалуй, имеет самое сложное разъяснение: не должно быть резких смен консистенции, частоты стула в течение недели, +/- один тип по бристольской шкале. Также важно субъективное ощущение до, во время и после акта дефекации. Здесь место удовлетворению и тихой радости, я вполне серьёзно!
  4. Цвет стула может быть разнообразным, это зависит от рациона питания. Оптимальным считается коричневый разных оттенков. Поправку делаем на цвет еды: много молочной продукции в рационе - стул будет светлее. Темнее, если поели блюдо с нори, чёрный бургер. Кроме того стоит задуматься о препаратах или БАДах, которые Вы можете принимать - препараты висмута, железа дают тёмный ближе к зелёному стул.

Тревожные симптомы, которые нельзя игнорировать

  1. Уреженный стул (частота менее 1 раза в 2 дня или 3-х раз в неделю) или учащенный стул (частота более 2, изредка 3-х раз в день).
  2. Изменени формы и консистенции. Будем дальше знакомиться с бристольской шкалой, не норма в ней: фрагментированный, "овечий" или плотный, кал тип 1- 2 и в противовес к нему кашицеобразный или водянистый стул, стул отдельными хлопьями - тип 6-7.
  3. Неустойчивый стул - чередование его консистенции и частоты без какой-либо закономерности, то 1 раз в день, то 5, то тип 3 по бристольской шкале, то 6. Важно замечать также, какие ощущения сопровождали чередование стула (хорошо/плохо).
  4. Изменение цвета. Обращайте внимание на очень светлый, ближе к серому цвету стул или очень тёмный, чёрный стул. Часто стул жёлтого цвета также служит признаком отклонения от нормы.
  5. Появление примесей в кале, пожалуй, самый грозный, но чёткий симптом:

    🔸Кровь. Она может быть алой, тёмной, может быть измененной-черной. Может быть в скудном количестве, только на бумажке или на поверхности стула, может быть перемешана с каловыми массами. Может капать или выделяться избыточно, но тут вы сами вызовете бригаду скорой помощи без лишних размышлений.

    Заболеваний множество, симптом тревожный, однако, не надо бояться обследования, это лучше, чем пожинать плоды бездействия.

    🔸Слизь. Неоднократно мы сталкиваемся с непониманием данного термина. Я бы её описала следующим образом: прозрачная вязкая жидкость, напоминающая слюну, может быть перемешана со стулом, может отделяться самостоятельно. Может выделяться в виде пены.

    🔸Желто-зеленая примесь в стуле может быть признаком присутствия гноя, а значит воспаления, или ускоренного продвижения желчи по желудочно-кишечному тракту.

    🔸Непереваренные кусочки пищи - результат ускоренной работы желудочно-кишечного кишечного тракта и неполной обработки пищевого продукта, обратите внимание на их состав (мясо/овощи), особенно тревожно, если вы увидели продукты питания, употребленные в течение дня.

  6. Безрезультатные или избыточные позывы к стулу, а также отсутствие позыва к стулу не могут быть нормой, обратите на это внимание.

При наличии отклонений от нормы, обратитесь к врачу-гастроэнтерологу.

Анализы кала для диагностики заболеваний кишечника

Отслеживание параметров стула простой и действенный метод, который можно использовать для предварительной диагностики. В случае если появились отклонения от нормы, кроме консультации гастроэнтеролога потребуются анализы кала, которые помогут установить причину этих отклонений. Анализы кала являются действенными инструментами по неинвазивной диагностике.

Копрограмма или общий анализ кала - самый известный, проверенный анализ.В нем исследуются компоненты переработки всех пищевых продуктов (белков, жиров, углеводов), могут быть выявлены и описаны слизь, видимая кровь, клетки воспаления, иногда даже цисты простейших или яйца гельминтов.

Кал на скрытую кровь более точный метод для определения крови в стуле, в том числе измененной, из верхних отделов ЖКТ, в минимальных количествах.

Фекальный кальпротектин - анализ для выявления воспаления в кишечнике. Особенно интересен как скрининг у людей старшего возраста в совокупности с калом на скрытую кровь.

Эозинофильный нейротоксин - показатель аллергической реакции в желудочно-кишечном тракте.

Панкреатическая эластаза пригодится пациентам с хроническим панкреатитом для уточнения степени выработки ферментов поджелудочной железой.

Посев кала на дисбактериоз для выявления отклонения в составе микрофлоры, роста патогенной и условно-патогенной флоры.

Также не теряют свою актуальность анализы кала на гельминты и простейшие. Их множество, начиная, с микроскопического иследования методом обогащения Parasep, вплоть до высокоточной ПЦР реакции отдельно к каждому типу возбудителя или панель из наиболее часто встречающихся.

Для интерпретации анализов рекомендую обратиться к врачу.

Как правильно сдавать анализы кала?

Правильная подготовка и сбор анализов кала обеспечат корректный результат. Все анализы кала необходимо сдавать в специальном контейнере, в день сбора, хранить собранные анализы надо в холодильнике не более 6-8 часов. Сбор анализов кала проводится естественным путем, без использования клизм и слабительных, в анализы не должна попасть моча. Контейнер надо заполнить на 1/3. Перед сдачей некоторых анализов кала требуется специальная подготовка.

Для подготовки к копрограмме пропустите неделю и более после приема антибиотиков. Перед анализом не принимайте слабительные, ферменты, сорбенты, не используйте ректальные свечи и мази.

Перед анализами по выявлению скрытых кровотечений ЖКТ рекомендуется 4-5-дневная диета с исключением мяса, субпродуктов (печень, сердце), рыбы, а также препаратов железа, магния и висмута. Однако при анализе кала на скрытую кровь методом Colonview рекомендуется только ограничение вышеуказанных лекарственных средств.

Для анализов на яйца гельминтов, цисты и вегетативные формы простейших, а также для посева на дисбактериоз кишечника используется специальный контейнер.

В ГЦ Эксперт вы можете получить консультацию гастроэнтеролога, специализирующегося на диагностике и лечении заболеваний кишечника, сдать все вышеперечисленные анализы или пройти комплексную диагностику по программе «Check-up кишечника» за два дня.

Будьте здоровы! С уважением гастроэнтеролог-диетолог Ковалева Светлана Игоревна.

Определение углеводов в кале (метод Бенедикта)

Код услуги

75030222

Описание

Лактазная недостаточность,определение уровня лактозы в кале ,проба Бенедикта Цель исследования. Тест используется для постановки диагноза лактазной недостаточности у детей находящихся на грудном вскармливании. Исследуемый материал. Кал.Показания к исследованию:Повышенное газообразование в кишечнике (метеоризм, вздутие кишечника, боли в животе, у детей грудного возраста могут быть срыгивания, связанные с повышением внутрибрюшного давления), осмотическая («бродильная») диарея после приема молока или содержащих лактозу молочных продуктов (частый, жидкий, желтый, пенистый с кислым запахом стул, боли в животе, беспокойство ребенка после приема молока, сохранение хорошего аппетита), у детей раннего возраста возможна недостаточная прибавка массы тела, формирование дисбиотических изменений микрофлоры кишечника.Диагностическое значение метода. Этот метод отражает общую способность усваивать углеводы. Метод не позволяет дифференцировать различные виды дисахаридазной недостаточности между собой, однако совместно с клиническими данными вполне достаточен для скрининга и контроля правильности подбора диеты. При проведении исследования пациент должен получать адекватное количество лактозы в питании, иначе результат окажется ложноотрицательным.Нормальные значения. В норме содержание углеводов в кале: 0- 0,25%.Интерпретация результатов исследования. При повышении значения (выше 0,25% ) можно заподозрить лактазную недостаточность. Отклонения от нормы у грудных детей могут быть незначительными (0,3- 0,5%), средними (0,6- 1%) и высокими (более 1%).Подготовка к исследованию. В соответствии с инструкцией, кал собирают после самопроизвольной дефекации в одноразовый контейнер с ложечкой (не более 1/3 объема контейнера). Избегать попадания к калу мочи и отделяемого половых органов. Контейнер с калом доставить в лабораторию в день сбора, до отправки хранить в холодильнике.

Подготовка

Кал собирают после самопроизвольной дефекации в одноразовый пластиковый контейнер (не более 1/3 объема контейнера) . Избегать попадания к калу мочи и отделяемого по-ловых органов. Контейнер с калом доставить в лабораторию в день сбора, до отправки хранить в холодильнике при t +2 +8 С

Анализ кала на Исследование кала на токсины клостридий (Clostridium Difficile) А и В

Clostridium difficile — бактерия, которая вызывает инфекционную диарею и псевдомембранозный колит. Чаще заражаются пациенты старшего возраста, пребывающие на лечении в стационаре и принимающие антибиотики. Под влиянием возрастных факторов, сопутствующих заболеваний и изменения микрофлоры кишечника в результате воздействия антибиотиков у таких пациентов снижается иммунитет к C. difficile. По этим причинам в больницах и учреждениях долгосрочного ухода могут наблюдаться эпидемические вспышки инфекции C. difficile. Также в последнее время появились гипервирулентные штаммы бактерии, поражающие молодых людей со здоровым иммунитетом.

Возбудитель селится в толстом кишечнике. Некоторые штаммы никак себя не проявляют, другие же выделяют токсины, вызывающие заболевания ЖКТ. Существует два типа токсинов — А и В. Токсин В присутствует во всех патогенных штаммах бактерии, токсин А — лишь в некоторых. Оба токсина вызывают гибель клеток кишечника, воспалительный процесс и повреждение тканей, что ведет к диарее и колиту. Токсин А в большей степени энтеротоксичен (провоцирует воспалительный процесс и повреждение слизистой оболочки кишечника), а токсин В — цитотоксичен (вызывает гибель клеток). Также известен бинарный токсин, увеличивающий патогенность возбудителя.

В норме местная микрофлора кишечника защищает организм от C. difficile, однако под воздействием антибиотиков защитные бактерии гибнут, открывая путь для инфекции.

Заражение C. difficile может протекать как бессимптомно, так и в острой форме, для которой характерна тяжелая диарея, анорексия, тошнота, лейкоцитоз. При тяжелом течении болезни отмечают снижение уровня общего белка и альбумина в крови.

Диагностика инфекции включает анализ кала на токсины клостридий, а также бактериальный посев (культуральное исследование). Посев считают менее специфичным, так как есть штаммы С. difficile, которые не продуцируют токсины.

В каких случаях обычно назначают исследование

Анализ на токсины клостридий назначают при следующих состояниях:

  • диарея у пациентов, принимающих или проходивших курс антибиотиков (особенно после клиндамицина, линкомицина, синтетических пенициллинов, цефалоспоринов), а также диарея у поступивших в стационар спустя 72 часа после госпитализации;
  • подозрение на псевдомембранозный колит у пациентов, относящихся к группе высокого риска: старше 65 лет, длительная госпитализация, проведение хирургических операций, наличие злокачественных опухолей, почечная недостаточность, воспалительные заболевания толстой кишки, химиотерапия, гипоальбуминемия.

Что именно определяют в процессе анализа

Выявляют наличие токсинов А и В в кале пациента методом иммунохроматографического анализа.

Что означают результаты теста

В норме результат должен быть отрицательным. При обнаружении токсинов следует проконсультироваться с лечащим врачом по поводу дальнейшей терапии.

Сроки выполнения теста

Результат исследования можно получить через 1–2 дня после сдачи анализа.

Подготовка к анализу

Кал пациент собирает дома. Целесообразно исследовать кал только при наличии жидкого стула (10–15 мл водянистых испражнений), образцы оформленного стула исследовать нецелесообразно.

Анализ кала на углеводы в Мытищах | "Андреевские больницы

Анализ кала на углеводы имеет целью выявление лактазной недостаточности, заключающейся в нарушении всасывания лактозы и непереносимости продуктов питания с содержанием молочного сахара. У детей в возрасте до года лактазная недостаточность проявляется неусвоением молока.

Показания

Анализ кала на содержание углеводов чаще всего назначается маленьким детям, поскольку рацион питания ребенка в возрасте до года состоит в основном из молока и молочных смесей, содержащих молочный сахар. Показаниями к назначению анализа являются:

  • усиленное газообразование в кишечнике;
  • вздутие живота;
  • частые срыгивания;
  • беспокойное поведение ребенка после приема молочной пищи;
  • частый, пенистый стул с кисловатым запахом;
  • недостаточная прибавка в весе.

Изредка анализ кала на углеводы назначается взрослым пациентам. Показаниями для его назначения взрослым являются боли в животе и константный метеоризм при отсутствии выраженных патологий органов пищеварения.

Результаты анализа

Врач-педиатр оценивает полученные результаты анализа в сравнении с нормальными показателями. Норма углеводов в кале у ребенка в возрасте до года – 0–0,25%, старше года – углеводы в кале отсутствуют.

Уровень содержания углеводов в кале, достигающий 0,3–0,5%, говорит о незначительных нарушениях процесса всасывания лактозы в кишечнике, свыше 1,0% - о существенной степени нарушения.

Подготовка к исследованию и техника сбора материала

Кал ребенка должен собираться в стерильный процедурный контейнер с сухой и чистой поверхности (исключаются памперсы и пеленки). Объем кала на анализ должен быть более 10 мл. Материал доставляется в лабораторию в течение 4-х часов после взятия.

Противопоказания

Детям в возрасте до трех месяцев анализ не назначается, так как в этот период происходят процессы формирования ферментативных реакций в кишечнике, и результаты могут быть недостоверными.

Эластаза 1, панкреатическая эластаза 1 (Elastase 1, E1, Э1)

Исследуемый материал Кал

Метод определения Иммуноферментный анализ.

«Золотой стандарт» в диагностике и оценке экзокринной функции поджелудочной железы. Показатель, отражающий состояние экзокринной функции поджелудочной железы. Эластаза - протеолитический фермент, с м.в. 28 000 Да, который, в отличие от других протеолитических ферментов, способен расщеплять эластин, входящий в состав соединительной ткани. Различают панкреатическую и лейкоцитарную эластазу. Панкреатическая эластаза (эластаза 1) синтезируется в поджелудочной железе и экскретируется в виде проэластазы вместе с другими ферментами в 12-перстную кишку, где под действием трипсина превращается в эластазу. Эластаза 1 не деградирует в кишечнике, поэтому её содержание в кале используют как показатель экзокринной функции поджелудочной железы. Тест специфичен для человеческой панкреатической эластазы 1, поэтому поступление экзогенной эластазы (животного происхождения) не влияет на результаты исследования, нет необходимости прерывать лечение перед проведением исследования. Диагностическая чувствительность и специфичность теста, которые превышают 90%, а также его удобство для пациента делают этот метод почти идеальным тестом, «золотым стандартом» диагностики нарушений экзокринной функции поджелудочной железы. Содержание эластазы 1, низкое у новорожденных, достигает уровня взрослых к 2-недельному возрасту. В кровь панкреатическая эластаза может поступать в повышенных количествах в случае воспаления поджелудочной железы (панкреатита). Определение в кале эластазы 1 особенно важно в диагностике муковисцидоза – наследственного заболевания, при котором нарушается структура и функции клеток, выстилающих выводные протоки экзокринных желёз, что ведёт к поражению лёгких, желудочно-кишечного тракта, нарушению процессов пищеварения (при этом наблюдается значительное снижение содержания панкреатической эластазы в кале). Только ранняя диагностика позволяет предотвратить летальный исход этого заболевания. Определение панкреатической эластазы в стуле ценно для подтверждения или исключения наличия недостаточности экзокринной функции поджелудочной железы, обусловленной хроническим панкреатитом, опухолью поджелудочной железы, холелитиазом или диабетом (умеренное снижение концентрации).

Пределы определения: 15 мкг/г кала -500 мкг/г кала

 

Литература

  1. Бельмер С. В. Методические аспекты. - В кн.: Экзокринная недостаточность поджелудочной железы: методы диагностики и коррекции. - М., 2001.
  2. Chey William Y. et al. Pancreatic elastase - Textbook of Gastroenterology. Ed. 3rd, - Yamada Tdataka, 1999, ch. 132, p. 2933 - 2934.
  3. Littlewood J. M. et al. Fecal pancreatic elastase 1 in cystic fibrosis: a useful non - invasive measure of pancreatic function. - 21st European custic fibrosis Conference (EW6CF) - Davos (Switzerland), 1997 June.

Дыхательный тест для выявления Хеликобактер пилори.

На сегодняшний день существует несколько методик, чтобы выявить хеликобактер пилори: анализ на антитела к хеликобактер пилори, анализ кала способом пцр, уреазный дхательный тест, биопсия, цитология. Самыми эффективными являются ифа (иммуноферментный анализ) на хеликобактер и анализ кала (пцр).

Диагностика хеликобактер пилори проводится двумя методами:

  • инвазивный (эндоскопия с биопсией)
  • неинвазивный (лабораторные методы).

Надежным методом определения хеликобактер является инвазивный. Анализ на бактерию проводят всем, кто жалуется на боли и дискомфорт в желудке.

Выявление pylori igg антител является обычным делом для исследования эпидемиологии инфекции.

Ифа

Иммуноферментный анализ на антитела IgG позволяет узнать концентрацию антител в крови относительно хеликобактер в организме человека. Количество антител определяется с помощью различных химических реакций. IgG – показатель, который подтверждает присутствие в организме бактерии. Высокий уровень igg к helicobacter pylori может сохраняться до и после устранения микроорганизма.

Дыхательный тест – определение и его виды

 Дыхательный тест на выявление хеликобактер пилори – это диагностика инфекции, которая позволяет выявить активность хеликобатер пилори, оценить уровень заражения. Гастроэнтерологи, терапевты, педиатры часто применяют его в своей практике. Дыхательный тест на хеликобактер пилори применяется для первичной диагностики бактерии. Еще используют для контроля лечебного процесса заболевания и проверки действенности терапевтического лечения.

Метод является абсолютно безопасным, самым эффективным и востребованным в медицине на сегодняшний день. Анализ показывает продукты жизнедеятельности бактерии в воздухе, который вдыхает пациент.

Есть два основных вида метода. Они отличаются по реагирующему компоненту:

  • углеродный
  • аммонийный.

Более точный результат дает углеродный дыхательный анализ.

Преимущества и недостатки метода

Этот респираторный метод имеет свои преимущества:

  1. Результат готов за короткий промежуток времени (20-25 минут).
  2. Достоверность результата 90-95%.
  3. Тест не наносит вреда организму человека.

Так как у метода одни достоинства он не имеет противопоказаний. Но результат будет точным только в том случае, если к тесту правильно подготовиться.

Подготовка к дыхательному тесту

Чтобы тест дал самые точные результаты, рекомендуется специальная подготовка к дыхательному тесту:

  • за месяц до прохождения теста нельзя принимать антибиотики;
  • за три дня до обследования не употреблять бобовые и спиртные напитки;
  • за 6 часов до сдачи анализа ничего не есть;
  • за 14 дней до обследования исключить прием препаратов, которые подавляют течение; физиологических и ферментативных процессов в организме;
  • за несколько часов нельзя жевать жвачку, курить;
  • последний прием пищи не позднее 22 часов, это должен быть легкий ужин;
  • за час до обследования можно выпить не более 10 мл воды;
  • чтобы результат анализа был точным, пациент не должен двигаться;
  • перед обследованием хорошо почистить зубы и ротовую полость.

Очень важно подготовиться к тесту правильно, иначе точного результата не будет. Если пациент не смог выполнить все правила, он должен сообщить об этом врачу и ему будет назначено другое время.

Как проводится тест

Процедуру проводят в условиях стационара под наблюдением специалиста. Если обследование проводят с помощью трубки, манипуляция длится не более 15 минут. Если используется электронный прибор, время процедуры составляет 10 минут.

Проводится процедура просто:

  • пациент принимает удобное положение
  • в рот кладется пластиковая трубка, а дыхание должно быть в обычном режиме
  • желательно не касаться трубки языком и небом, чтобы туда не попала слюна
  • если скапливается слюна, ее разрешается сплюнуть или сглотнуть, вытащив трубку, берется проба воздуха
  • первый этап манипуляции продолжается 6 минут
  • пациенту дают выпить раствор карбамида
  • трубку помещают опять в рот
  • второй этап также длится 6 минут, проводится исследование воздуха
  • после этого выдается результат.

Расшифровка результатов анализа и показатели нормы

Нормой является, когда разница между показателями первого и второго этапа обследования равна нулю. Если в организме имеется хеликобактер, показатель будет выше нуля.

При показателе:

  • следовое значение — 1, 5 -3,5, микроорганизма находится в неактивной фазе и от него можно быстро избавиться;
  • 3,5 — 5.5 – низкий уровень;
  • малый — до 7 промилле;
  • от 7 до 15, бактерия в активной фазе, размножается, процесс лечения затрудняется;
  • выше 15 – высокий уровень обсеменения.

При любом положительном результате, терапию нужно начинать сразу, это позволит избежать осложнений и болевых ощущений. Но схема лечения хеликобактер должна быть составлена врачом.

Противопоказания к проведению

Метод не имеет противопоказаний, так как не включает в себя никаких вмешательств и нагрузок. Его можно применять для всех, без ограничений.

Анализы крови

При жалобах пациента на боли в желудке, любой дискомфорт, при функциональных расстройствах пищеварения, при гастритах и язвенной болезни сдается анализ крови на хеликобактер пилори. Антитела к helicobacter pylori в крови являются показателем заражения человека бактерией хеликобактериоза.

Сдавать кровь на бактерию хеликобактер рекомендуется при:

  • слабом иммунитете
  • наследственная предрасположенность к онкологическим заболеваниям желудка
  • в качестве профилактической диагностики
  • с целью оценки полученного лечения от инфекции.

Как подготовиться к анализу?

Перед анализом необходимо за 8 часов до проведения теста не принимать пищу, кофе, чай, спиртные напитки, не курить. Этот анализ на хеликобактер пилори определяет количество иммуноглобулинов. Когда в организм человека попадает определенный токсин, вирус, микроб, иммуноглобулины взаимодействуют с ними и нейтрализуют эти вредные вещества. Анализ показывает взаимодействие возбудителя болезни и иммуноглобулинов, что дает возможность установить, есть ли хеликобактер пилори в желудке или двенадцатиперстной кишке.

Преимущества и недостатки

Преимущества данного теста:

  • диагностическая процедура не дорогая;
  • высокая точность результата;
  • анализ доступен для всех.

Тест на хеликобактери пилори имеет свои недостатки:

  • имеются факторы, которые влияют на результат анализа;
  • некоторые пациенты испытывают страх при заборе крови;
  • тщательный результат получают через 4-6 дней.

Расшифровка анализа

Расшифровка результата анализа крови на хеликобактер пилори можно сделать и без медицинских навыков. Антитела разделяют на категории A, G, M. Напротив каждой категории на бланке имеется результат. Если все показатели анализов крови на хеликобактер пилори не превышают норму, значит бактерии в организме нет:

  • иммуноглабулин LgG отсутствует или значительно ниже нормы: бактерии отсутствуют в организме;
  • LgG обнаружен: хеликобактриоз есть или был перенесен раньше;
  • иммуноглабулин LgM не обнаружен или ниже нормы: условная норма хеликобактер пилори;
  • LgM класса обнаружен: начальная стадия заболевания;
  • иммуноглабулин LgA не обнаружен в крови: это может свидетельствовать о ранней стадии болезни, недавно проведенной терапии антибиотиками или больной на этапе выздоровления.

Противопоказания

Анализ крови на хеликобактер не проводят:

  • при судорогах
  • при повышенной возбудимости больного
  • если в месте инъекции имеется поражение кожи.

Анализ крови на антитела при флебите вен также не назначают.

Анализ кала

ПЦР – что это такое? Это чувствительный способ определения инфекции. Он распознает ДНК или РНК возбудителя. Для ПЦР материалом для исследования является кал.

Анализ кала на антиген хеликобактер является самым удобным исследованием для пожилых людей, детей и тяжелобольных. В этом случае не требуется присутствия пациента в лаборатории и процедура не связана с травмированием организма. Кстати, о хеликобактер пилори у детей мы расскажем отдельно.

Но обнаружить бактерию в кале не просто. В кишечнике микроорганизм повергается воздействию неблагоприятных условий для него (желчные кислоты, недостаток кислорода). Поэтому активные организмы приспосабливаются к новым условиям, меняют свою форму и их число резко снижается.

Применяется специальный метод полимеразной цепной реакции (пцр), который позволяет определить фрагмент ДНК микроорганизма. Точность результата – 95-96%.

Что нельзя перед сдачей кала

Важно знать, как правильно сдать анализ на хеликобактер. Перед сдачей кала, за 3-4 дня не рекомендуется принимать много пищевых волокон, красящих продуктов, неорганических солей, лекарств, которые усиливают перистальтику кишечника.

Не годится для исследования на хеликобактер кал после клизмы или слабительного.

Анализ кала на хеликобактер пилори проводят до начала лечения. Если до этого пациент принимал антибактериальную терапию по поводу лечения какого-либо заболевания, лучше назначить другой метод обследования.

Расшифровка анализа

Результат анализа на helicobacter pylori бывает положительный и отрицательный. Положительный результат свидетельствует о наличии или перенесенной инфекции. Отрицательные данные — об отсутствии болезни или неправильном проведении исследования.

Цитологический анализ

Цитология есть один из самых точных методов обнаружения хеликобактер пилори в слизистый желудок. При этом методе анализ на хеликобактер пилори практически не дает ложных положительных результатов.

Для исследования берется при фиброгастродуаденоскопии (фгдс) биопсийный материал, мазок – отпечаток слизистой. Результат бывает положительный или отрицательный. По степени обсеменения:

  • слабая – при увеличении в 360 раз в поле зрения обнаруживается до 20 бактерий;
  • умеренная – 20-40;
  • высокая – более 40 бактерий.

Гастроскопия

При помощи фгс (желудочного зонда) при фгдс зрительно проникают в ЖКТ, выбирают самые подозрительные участки для забора слизи из желудка. Затем ее помещают на специальную среду, где определяют уреазную активность микроорганизма. Если индикатор из желтого цвета окрасится в малиновый, это означает, что в материале есть бактерии.

Анализ на дисбактериоз у детей. Как сдавать кал для анализа. Расшифровка результатов анализа на дисбактериоз

Автор

Евтушенко-Сигаева Мария Вячеславовна

Ведущий врач

Гастроэнтеролог

Что такое дисбактериоз


В норме состояние микрофлоры кишечника таково, что деятельность вредоносных бактерий успешно подавляется, а количество полезных бактерий соответствует потребностям организма. Но если необходимый баланс нарушается, кишечник перестаёт функционировать правильным образом. Подобное состояние и есть дисбактериоз.

Зачем нужен анализ на дисбактериоз

Чтобы подтвердить, что проблемы со здоровьем вызваны дисбактериозом, необходимо сделать анализ на дисбактериоз.

Анализ на дисбактериоз позволяет установить концентрацию и определить соотношение:

  • полезных микроорганизмов, таких как лактобактерии, бифидобактерии, кишечная палочка Escherichia coli с нормальными ферментативными свойствами;
  • условно-патогенных, т.е. населяющих кишечник, но не всегда приводящих к заболеванию. (энтеробактерии, стафилококки, клостридии, грибы рода Candida). Болезненные проявления, наблюдаются, как правило,  лишь в том случае, если количество подобных микроорганизмов резко возрастает и начинает превышать норму;
  • патогенных, в норме в кишечнике отсутствующих (шигеллы, сальмонеллы).

Когда назначается анализ на дисбактериоз

Анализ на дисбактериоз назначается:

Анализ на дисбактериоз может назначить врач общей практики (терапевт, семейный врач, педиатр) или гастроэнтеролог.

Как сдавать анализ на дисбактериоз

Материалом для анализа является кал. Кал собирается в стерильный контейнер. Для анализа достаточно около 10 мл (меньше столовой ложки). Важно, чтобы в кал не попала моча. Собранный материал нужно доставить в лабораторию в течение 3-х часов.

Подготовка к анализу кала на дисбактериоз

За 3-4 дня до анализа необходимо прекратить прием слабительных препаратов. Также не следует пользоваться ректальными свечами.

Если Вы проходили рентгенографическое исследование желудка или кишечника с введением рентгеноконтрастного вещества, необходимо будет подождать, пока оно полностью выведется из организма, и только потом собрать материал для анализа. Также для анализа не подходит материал, полученный с помощью клизмы.

Расшифровка результатов анализа на дисбактериоз

Патогенные энтеробактерии – в норме отсутствуют. Их присутствие указывает на острую кишечную инфекцию. Энтеробактерии – сальмонеллы и шигеллы – являются  возбудителями серьезного заболевания – дизентерии.

Бифидобактерии – обеспечивают расщепление и переваривание пищи, усвоение железа, нейтрализацию токсинов. Норма – 109-1010 КОЕ/г, у детей первого года жизни 1010-1011. Существенное снижение количества бифидобактерий – явный признак дисбактериоза.

Лактобактерии – расщепляют лактозу, поддерживают необходимый уровень кислотности толстой кишки, повышают активность фагоцитов – клеток иммунной защиты. Норма: 107-108 КОЕ/г, у детей первого года жизни 106-107.

Кишечная палочка (E.coli) с нормальной ферментативной активностью – препятствует развитию условно-патогенной микрофлоры, вырабатывает витамины группы B, способствует усвоению железа и кальция. Нормальное значение: 107-108 КОЕ/г. Результат ниже нормы может указывать на наличие кишечных паразитов – глистов.

Кишечная палочка (E.coli) со сниженной ферментативной активностью – не причиняет вреда, но и не приносит никакой пользы. В норме кишечная палочка с подобными свойствами  должна составлять не более 105 КОЕ/г. Увеличение ее количества является признаком начинающегося дисбактериоза.

Гемолитические кишечные палочки (E.coli) – способны вырабатывать токсины. В норме должны отсутствовать.

Нормы по условно-патогенным микроорганизмам:

  • микробы рода протея – менее 102;
  • условно-патогенные энтеробактерии – менее 104;
  • энтерококки – 105-108, у детей до года 105-107;
  • стафилококк золотистый (S.aureus.) и др. гемолитические стафилококки – отсутствуют;
  • стафилококки (сапрофитные, эпидермальный) – менее 104;
  • грибы рода Candida – менее 103;
  • бактероиды – менее 107;
  • клостридии – не более 105.

Не занимайтесь самолечением. Обратитесь к нашим специалистам, которые правильно поставят диагноз и назначат лечение.

Оцените, насколько был полезен материал

Спасибо за оценку

 

Гидродинамика дефекации - Мягкое вещество (RSC Publishing)

Животные выделяют фекалии разных размеров и форм. Такие вариации уже давно используются для отслеживания животных, а также для диагностики заболеваний как у людей, так и у животных. Однако физика, с помощью которой выделяются фекалии, остается плохо изученной. В этом комбинированном экспериментальном и теоретическом исследовании мы изучаем дефекацию млекопитающих от кошек до слонов, используя размеры толстого кишечника и фекалий, видеоизображение в зоопарке Атланты, реологические измерения фекалий и слизи с помощью конуса на пластине и математическую модель дефекации. .Диаметр фекалий сравним с диаметром прямой кишки, но длина вдвое больше, чем у прямой кишки, что указывает на то, что не только прямая кишка, но и толстая кишка являются хранилищем фекалий. Несмотря на длину прямой кишки от 4 до 40 см, млекопитающие, от кошек до слонов, испражняются в течение почти постоянной продолжительности 12 ± 7 секунд ( N = 23). Мы рационализируем эту удивительную тенденцию с помощью нашей математической модели, которая показывает, что фекалии скользят по толстой кишке слоем слизи, подобно тому, как санки скользят по желобу.У более крупных животных не только больше фекалий, но и более толстый слой слизи, что облегчает их изгнание. Наша модель учитывает более короткое и более длительное время дефекации, связанное с диареей и запором, соответственно. Это исследование может помочь клиницистам в использовании неинвазивных процедур, таких как время дефекации, при диагностике заболеваний пищеварительной системы.

У вас есть доступ к этой статье

Подождите, пока мы загрузим ваш контент... Что-то пошло не так. Попробуй еще раз?

Распространенность желудочно-кишечных симптомов и выделения фекальных вирусов у пациентов с коронавирусной болезнью 2019: систематический обзор и метаанализ | Реанимационная медицина | Открытие сети JAMA

Ключевые моменты español 中文 (китайский)

Вопрос Какова частота желудочно-кишечных симптомов среди пациентов с тяжелым острым респираторным синдромом, инфицированным коронавирусом 2 (SARS-CoV-2)?

Выводы Этот систематический обзор и метаанализ 23 опубликованных и 6 препринтов исследований показали, что примерно 12% пациентов с инфекцией SARS-CoV-2 сообщали о желудочно-кишечных симптомах, включая диарею, тошноту и рвоту.Уровни ферментов печени за пределами нормальных значений наблюдались у 15-20% пациентов, а выделение РНК SARS-CoV-2 в стуле было обнаружено почти у 41% пациентов.

Значение Эти данные свидетельствуют о том, что пациенты с инфекцией SARS-CoV-2 могут иметь желудочно-кишечные симптомы с возможным фекально-оральным путем передачи из-за присутствия вирусной РНК в стуле.

Важность Коронавирусное заболевание 2019 года (COVID-19) является глобальной пандемией и может поражать желудочно-кишечный тракт (ЖКТ), включая такие симптомы, как диарея и выделение тяжелого острого респираторного синдрома коронавируса 2 (SARS-CoV-2) с фекалиями.

Объектив Чтобы обеспечить объединенную оценку симптомов желудочно-кишечного тракта, уровней ферментов печени за пределами нормальных значений и положительных результатов анализов кала на SARS-CoV-2 среди пациентов с COVID-19.

Источники данных Был проведен электронный поиск литературы для опубликованных (с использованием MEDLINE / PubMed и Embase) и препринтов (с использованием bioRxiv и medRxiv) интересующих исследований, проведенных с 1 ноября 2019 г. по 30 марта 2020 г. Поисковые запросы включали «COVID-19», « SARS-Cov-2 »и / или« новый коронавирус.”

Выбор исследования Подходящими исследованиями были те, которые включали пациентов с инфекцией SARS-CoV-2, которые сообщили о симптомах желудочно-кишечного тракта.

Извлечение и синтез данных Были извлечены данные о пациентах с желудочно-кишечными симптомами (например, диареей, тошнотой или рвотой), изменениями уровня печеночных ферментов и выделением вируса из фекалий. Качество исследований оценивали с помощью методологического индекса для нерандомизированных исследований. Объединенные оценки (%) были представлены с 95% доверительными интервалами с уровнем неоднородности ( I 2 ).

Основные результаты и мероприятия Были проанализированы характеристики исследования и пациентов с объединенными показателями выявления диареи, тошноты или рвоты, уровнями печеночных ферментов за пределами нормативных диапазонов и положительностью SARS-CoV-2 в тестах кала.

Результаты Из 1484 рассмотренных записей в анализ были включены 23 опубликованных и 6 препринтов, в которых приняли участие 4805 пациентов (средний [SD] возраст, 52,2 [14,8] года; 1598 [33,2%] женщин) с COVID-19. Объединенные ставки составили 7.4% (95% ДИ, 4,3–12,2%) пациентов, сообщающих о диарее, и 4,6% (95% ДИ, 2,6–8,0%) пациентов, сообщающих о тошноте или рвоте. Общий уровень уровней аспартатаминотрансферазы за пределами референсных диапазонов составил 20% (95% ДИ, 15,3% -25,6%) пациентов, а общий уровень уровней аланинаминотрансферазы за пределами референсных диапазонов составил 14,6% (95% ДИ, 12,8% -16,6%). %) пациентов. Фекальные тесты, которые были положительными на SARS-CoV-2, были зарегистрированы в 8 исследованиях, а выделение вирусной РНК было обнаружено с фекалиями в 40,5% (95% ДИ, 27.4% -55,1%) пациентов. Был отмечен высокий уровень неоднородности ( I 2 = 94%), но не было отмечено статистически значимой ошибки публикации.

Выводы и актуальность Эти данные свидетельствуют о том, что у 12% пациентов с COVID-19 будут проявляться симптомы со стороны желудочно-кишечного тракта; однако выделение SAR-CoV-2 наблюдалось у 40,5% пациентов с подтвержденной инфекцией SARS-CoV-2. Это подчеркивает необходимость лучшего понимания того, какие меры необходимы для предотвращения дальнейшего распространения этого очень заразного патогена.

Глобальная пандемия возникла в декабре 2019 года из-за нового тяжелого острого респираторного синдрома, коронавируса 2 (SARS-CoV-2). 1 Филогенетика этого вируса указывает на то, что SARS-CoV-2 представляет собой одноцепочечный вирус с положительной РНК, имеет 79,5% гомологии с SARS-CoV и тесно связан с SARS-подобными коронавирусами, полученными от летучих мышей. 2 Недавняя крупная серия случаев 72314 инфицированных людей в Китае показала, что 14% больных страдают тяжелым заболеванием, а уровень летальности равен 2.3%. 3 , 4

Коронавирусы являются частым источником инфекций верхних дыхательных путей, желудочно-кишечного тракта и центральной нервной системы у людей и других млекопитающих. 5 SARS-CoV-2 очень гомологичен SARS-CoV и, как и SARS-CoV, ангиотензинпревращающий фермент 2 (ACE2) также является рецептором проникновения в клетки SARS-CoV-2. 6 -8 Поскольку ACE2 обнаружен в абсорбирующих энтероцитах подвздошной и толстой кишки, эти абсорбирующие энтероциты могут быть инфицированы множеством вирусов, включая коронавирус, ротавирус и норовирусы, что приводит к диарее. 7 , 9 Несколько биоинформатических исследований 10 , 11 показали, что клетки кишечного эпителия, экспрессирующие ACE2, могут подвергаться повышенному риску атаки SARS-CoV-2 и что ACE2 высоко экспрессируется в тонком кишечнике, особенно в проксимальных и дистальных энтероцитах. Следовательно, SARS-CoV-2 может проникнуть в пищеварительную систему и служить путем заражения.

Фактически, первый зарегистрированный пациент с коронавирусной болезнью 2019 (COVID-19) в США сообщил о желудочно-кишечных симптомах (ЖКТ) жидкого кишечника и дискомфорте в животе. 12 Образцы стула и дыхательных путей пациента оказались положительными на SARS-CoV-2 с помощью полимеразной цепной реакции с обратной транскрипцией в реальном времени (ОТ-ПЦР). 12 Это поднимает вопрос о непреднамеренной передаче от человека к человеку фекальным путем, несмотря на акцент общественного здравоохранения на капельную передачу и меры предосторожности при контакте с респираторными выделениями. Следовательно, была бы полезна дополнительная информация и понимание участия пищеварительной системы в передаче COVID-19 во время этой пандемии.

Наша цель состояла в том, чтобы определить распространенность желудочно-кишечных симптомов при наличии COVID-19 и выделение вируса в кале у пациентов с подтвержденной инфекцией SARS-CoV-2 на основе опубликованной литературы. Мы также включили данные из препринтов в отдельную категорию, чтобы дать краткий обзор существующих знаний по мере развития этой глобальной чрезвычайной ситуации.

Этот систематический обзор и метаанализ были выполнены в соответствии с Руководством по отчетности «Предпочтительные элементы отчетности для систематических обзоров и метаанализов» (PRISMA). 13 Согласно политике институционального наблюдательного совета Университета Юты одобрение институционального наблюдательного совета не требовалось для этого исследования, поскольку оно не включало никаких прямых исследований с участием людей.

Мы выполнили поиск литературы, объединив термины в медицинских предметных заголовках (MeSH) и поиск по ключевым словам с использованием MEDLINE / PubMed и Embase, чтобы найти исследования, опубликованные с 1 ноября 2019 г. по 30 марта 2020 г., с использованием терминов «COVID-19», «SARS». -Cov-2 »и / или« новый коронавирус.Мы также запросили недавно разработанную поисковую систему с поддержкой искусственного интеллекта CORD-19 (Институт искусственного интеллекта Аллена), которая в партнерстве с ведущими исследовательскими группами подготовила и распространяла набор данных открытых исследований COVID-19, бесплатный ресурс более 29000 научных статей, а также архивные услуги, такие как bioRxiv и medRxiv. 14 , 15 Был также проведен вторичный поиск по ссылкам на опубликованные исследования. Списки литературы всех исследований были просмотрены на предмет дополнительных источников данных.Повторяющиеся цитаты были удалены, а все оставшиеся исследования были проверены на соответствие критериям отбора путем обзора их названий и аннотаций. Стратегия поиска и метод, использованные для выбора исследований, представлены на Рисунке 1.

Критерии отбора включали обсервационные исследования, в которых сообщалось о клинических симптомах при поступлении у пациентов с COVID-19 (определяемых с помощью мазков из носоглотки, которые были положительными на SARS-CoV-2 в ПЦР) для оценки распространенности желудочно-кишечных симптомов при их наличии, а также обсервационные исследования, предоставляющие данные относительно РНК обнаружение или выделение SARS-CoV-2 в образцах стула пациентов с COVID-19.Исследования только в абстрактной форме были исключены из-за ограниченности доступной информации, удовлетворяющей критериям анализа интересующих нас результатов. После применения этих критериев был проведен углубленный обзор оставшихся исследований с извлечением данных в электронную таблицу Excel (Microsoft). Два следователя (С.П. и М.Д.) независимо друг от друга провели обыск.

Извлечение данных и оценка качества

Данные были извлечены и записаны из всех исследований в виде типа исследования, автора, года публикации, страны и места или условий, возраста, пола, количества пациентов, основной цели исследования, времени сбора данных, распространенности симптомов (включая кашель, диарея и тошнота или рвота среди основных симптомов), результаты лабораторных анализов (включая уровни ферментов печени, таких как аспартатаминотрансфераза [AST], аланинаминотрансфераза [ALT], щелочная фосфатаза [ALP] и общий билирубин), последующее наблюдение, сбор вирусной РНК-нагрузки в стуле и выполнение эндоскопии.Качество включенных исследований оценивалось с использованием утвержденного инструмента оценки качества, методологического индекса для нерандомизированных исследований (MINORS). 16 Были оценены следующие критерии, и каждому из них была присвоена оценка 0 (нет), 1 (сообщается, но недостаточно) или 2 (заявлено и адекватно): четко сформулированная цель, включение последовательных пациентов, проспективный сбор данных , конечные точки, соответствующие цели исследования, объективная оценка конечной точки исследования, период наблюдения, соответствующий цели исследования, потеря для последующего наблюдения менее 5% и предполагаемый расчет размера исследования.

Основная цель этого систематического обзора и метаанализа заключалась в оценке частоты желудочно-кишечных симптомов (например, диареи, тошноты или рвоты) у пациентов с COVID-19. Он был рассчитан как совокупный показатель распространенности этих симптомов со стороны ЖКТ по ​​отдельности. Исследования, в которых не сообщалось о желудочно-кишечных симптомах, были исключены из этого анализа. Вторичные цели включали расчет объединенных оценок показателей желудочно-кишечных симптомов и скорости выделения вируса в стуле пациентов с COVID-19 среди опубликованных и архивных исследований (т. Е. Предварительных исследований), полученных на основе семантического исследования COVID-19. 12 , 17 Статистический анализ выполняли с использованием статистического программного обеспечения R (проект R для статистического анализа). Степень неоднородности исследований оценивалась с использованием статистики Q и индекса I 2 . Для статистики I 2 неоднородность была определена как низкая (25% -50%), умеренная (50% -75%) или высокая (> 75%). Систематическая ошибка публикации оценивалась с использованием воронкообразных графиков, а асимметрия воронки оценивалась с помощью регрессионного теста Эггера.Значения P были двусторонними, а значение P <0,05 считалось статистически значимым. Данные были проанализированы с декабря 2019 года по март 2020 года.

Первоначальный поиск с использованием терминов MeSH дал 1484 исследования. После просмотра названий, аннотаций и полных текстов, а также для исследований в препринтной версии, полученной из Семантического ученого по COVID-19, выборка сократилась до 614 исследований. После дальнейшего отбора и применения критериев включения и исключения 21 публикация 10 , 14 , 17 -34 и 8 препринтов 1 , 3 , 35 -40 были включены для окончательный анализ (2 препринтных исследования были приняты за время между первоначальным анализом и окончательным анализом) (таблица).Большинство этих исследований были наблюдательными исследованиями с участием одной группы с ретроспективным отчетом данных госпитализированных пациентов, и большинство исследований проводилось в материковом Китае. Основным методом сбора данных было извлечение информации из электронных медицинских карт госпитализированных пациентов. В большинстве исследований собирались данные о взрослых, в одном исследовании собирались данные о беременных пациентах, 18 и 3 исследования включали данные о детях младше 18 лет. 19 , 35 , 36 В одном исследовании представлена ​​информация о медицинском персонале. 17

В целом в исследования были включены 4805 пациентов (средний возраст [SD] 52,2 [14,8] года; 1598 [33,2%] женщин). Все исследования проводились в период с 1 ноября 2019 г. по 30 марта 2020 г. Восемь исследований предоставили информацию о выделении вирусов с калом. 10 , 17 , 20 , 21,41 -44

В целом, большинство включенных исследований набрали от 8 до 10 баллов по оценке качества MINORS (т.е. среднее качество), при этом важными факторами были заявленные цели исследования, включение подходящих пациентов и надлежащим образом заявленные конечные точки.Как правило, в исследованиях не сообщалось о расчетах или оценках размера выборки, а также о потере данных, способствующих возникновению систематической ошибки отсева. Результаты оценки качества представлены в электронной таблице 1 Приложения.

Анализ первичных результатов

Из 29 публикаций и препринтов, включенных в окончательный анализ, в 26 исследованиях сообщалось о возникновении диареи, а в 12 исследованиях измерялась частота таких проявлений со стороны ЖКТ, как рвота или тошнота.

Наиболее частым симптомом со стороны желудочно-кишечного тракта при обращении была диарея, по совокупной оценке опубликованных исследований 7,4% (95% ДИ, 4,3-12,2%) пациентов (рисунок 2), в том числе 371 пациент с диареей из 4393 пациентов из 21 исследования ( I 2 = 94%; критерий смещения Эггера, P = 0,64). Общая распространенность диареи с учетом всех опубликованных исследований и препринтов составила 7,8% (95% ДИ, 5,1-11,9 %%) пациентов, в том числе 414 пациентов с диареей из 4805 пациентов из 26 исследований ( I 2 = 93 % Тест Эггера на систематическую ошибку, P =.49).

Объединенная распространенность тошноты или рвоты в опубликованных исследованиях составила 4,6% (95% ДИ, 2,6-8%) пациентов, включая 285 пациентов с тошнотой или рвотой из 4005 пациентов из 12 исследований ( I 2 = 92 %; Тест Эггера на систематическую ошибку, P = 0,10) (Рисунок 3). Суммарная распространенность тошноты или рвоты составила 3,9% (95% ДИ, 2,1-7,2%) пациентов, когда были учтены все исследования, включая 309 пациентов с тошнотой или рвотой из 4417 пациентов из 17 исследований ( I 2 = 94 %; Критерий смещения Эггера, P =.25).

Появление выделения SARS-CoV-2 в стуле

Было проведено 8 исследований, в которых сообщалось об обнаружении вирусной РНК SARS-CoV-2 в стуле. Совместное выявление пациентов с образцами кала, положительными на РНК SARS-CoV-2, для пациентов, у которых с помощью мазка из носоглотки или анализа респираторной секреции было подтверждено наличие COVID-19, было 40.5% (95% ДИ: 27,4% -55,1%) пациентов (Рисунок 4), 10 , 17 , 20 , 21,41 -44 , включая 154 пациента с образцами кала, положительными на ТОРС -CoV-2 у 407 пациентов из 8 исследований ( I 2 = 83%; тест Эггера на систематическую ошибку, P = 0,86). Характеристики этих исследований представлены в таблице 2 Приложения.

В исследовании Wang et al., 41 из 153 собранных образцов фекалий 44 образца (28.8%) дали положительный результат на SARS-CoV-2 по сравнению с 126 положительными результатами 398 мазков из глотки (31,7%), что является одним из наиболее распространенных механизмов тестирования. Частота положительных результатов при использовании других образцов составила 14 из 15 тестов с использованием жидкости бронхоальвеолярного лаважа (93,3%), 72 из 104 тестов с использованием мокроты (69,2%), 5 из 8 тестов с использованием мазков из носа (62,5%), 6 из 13; тесты с использованием щеточной биопсии с волоконно-оптическим бронхоскопом (46,2%) и 3 из 307 тестов с использованием крови (1,0%). Из 72 исследованных образцов мочи 0 оказались положительными на SARS-CoV-2. 41 Два образца стула (1,3%) показали живой вирус при электронной микроскопии. Сяо и др. 20 сообщили, что из 73 пациентов с инфекцией SARS-CoV-2 39 пациентов (53,4%), в том числе 25 мужчин и 14 женщин, имели положительные результаты на РНК SARS-CoV-2 в образцах стула. Более того, Xiao et al. 20 обнаружили, что у 17 пациентов (23,3%) результаты ПЦР стула были положительными на SARS-CoV-2, несмотря на то, что образцы дыхательных путей с результатами ПЦР были отрицательными на SARS-CoV-2.

В исследовании Young et al., 42 у 4 из 8 пациентов были положительные результаты ОТ-ПЦР на SARS-CoV-2 в стуле, независимо от диареи, в течение от 1 до 7 дней.Peng et al. 43 обнаружили, что мазки из анального канала у 2 из 9 пациентов дали положительный результат на SARS-CoV-2. В тематическом исследовании с участием одного пациента 45 , сравнивающем присутствие SARS-CoV-2 в образцах горла и прямой кишки, образцы из прямой кишки были положительными на SARS-CoV-2 в течение 18 дней после госпитализации. Исследование Ling et al. 21 включало 66 пациентов, выздоровевших после лечения COVID-19, среди которых 11 пациентов (16,7%) по-прежнему имели положительные результаты анализа стула на вирусную РНК по прошествии средней продолжительности 11 дней после появления симптомов.В другом исследовании с участием 17 пациентов с подтвержденной инфекцией SARS-CoV-2 с доступными данными (представляющими 0-13 дней после начала) образцы стула от 9 пациентов (52,9%) были положительными на SARS-CoV-2 при анализе RT-PCR для От 0 до 11 дней после начала заболевания. 7 Вирусная нагрузка в образцах стула была ниже, чем в образцах из дыхательных путей (диапазон от 550 копий на мл до 1,21 × 10 5 копий на мл против 641 копий на мл до 1,34 × 10 11 копий на мл). 7

Из 23 исследований, включенных в окончательный анализ, в 8 были представлены данные о повышении уровней AST или ALT во время клинической картины пациентов.Объединенная оценка повышенных уровней АСТ составила 20% (95% ДИ, 15,3% -25,6%) пациентов, включая 243 пациента с повышенным уровнем АСТ у 1450 пациентов из 8 исследований ( I 2 = 48%; тест Эггера для смещения P = 0,34) (см. рисунок в приложении). Общая распространенность повышенных уровней АЛТ составила 14,6% (95% ДИ, 12,8% -16,6%) пациентов, включая 197 пациентов с повышенными уровнями АЛТ у 1347 пациентов из 6 исследований ( I 2 = 0%; тест Эггера для смещения P =.13) (eFigure в Приложении).

Объединенная распространенность повышенных уровней AST, включая все исследования, опубликованные и препринты, составила 17,7% (95% ДИ, 14,1-22%) пациентов, включая 272 пациента с повышенным уровнем AST из 1680 пациентов из 11 исследований ( I 2 = 53%; критерий смещения Эггера, P = 0,23). Объединенная распространенность повышенного уровня АЛТ составила 18,5% (95% ДИ, 12,4-26,5%) пациентов, в том числе 302 пациента с повышенным уровнем АЛТ у 1725 пациентов из 10 исследований ( I 2 = 87%; тест Эггера для смещение, P =.81).

В этом систематическом обзоре и объединенном анализе опубликованной и препринтной литературы по инфекции SARS-CoV-2 и симптомам желудочно-кишечного тракта мы обнаружили, что примерно от 10% до 12% пациентов с COVID-19 испытывают симптомы желудочно-кишечного тракта, такие как диарея (7,4%). ) и тошнота или рвота (4,6%). Кроме того, от 30% до 50% пациентов могут иметь мазки из фекалий, которые дают положительный результат на РНК SARS-CoV-2, что подтверждает, что вирус может быть обнаружен в других местах и, следовательно, может передаваться другими способами, кроме респираторных капель.Особое беспокойство вызывало присутствие живого вируса в стуле пациентов и выделение фекалий в течение нескольких дней после госпитализации.

В этом исследовании мы сообщаем, что совокупная распространенность диареи среди пациентов составила 7,4%, а тошноты или рвоты - 4,6%. Хотя эти цифры не так высоки по сравнению с инфекцией SARS, где оценка желудочно-кишечных симптомов составляет примерно 20%, 46 -48 на основе нашего понимания патофизиологических и филогенетических характеристик SARS-CoV-2, это может быть возможно, что симптомы со стороны желудочно-кишечного тракта могли быть занижены в первоначальных исследованиях.Причины этого могут быть связаны с акцентом на более важные и смертельные респираторные симптомы, которые лечат лечащие врачи, а также с проблемами определения диареи. Тем не менее, наличие желудочно-кишечных симптомов может предвещать худший исход для пациентов, инфицированных SARS-CoV-2, как показано в исследовании 2020 года, проведенном Pan et al 7 , в котором сообщалось, что пациенты без желудочно-кишечных симптомов с большей вероятностью выздоровеют и будут выписаны. по сравнению с пациентами с симптомами со стороны желудочно-кишечного тракта (60% против 34%).Уровни ферментов печени, выходящие за рамки нормальных значений, также наблюдались у 15–20% пациентов. Гуан и др. 22 сообщили о значительно более высоком повышении уровня ферментов печени у пациентов с тяжелой формой COVID-19 по сравнению с пациентами с нетяжелой формой COVID-19 (39,4% против 18,2%). Точно так же Ван и др. 23 сообщили о более высоких уровнях у пациентов в отделениях интенсивной терапии. Chen et al., , 24, сообщили о том, что уровни ферментов печени достигают 1445 Ед / л для АСТ и 7590 Ед / л для АЛТ (чтобы преобразовать в микрокатал на литр, умножьте на 0.0167).

Было несколько сообщений 20 , 41 относительно вируса, обнаруженного из других мест и, следовательно, потенциально передаваемого способами, отличными от респираторных капель. В нашем анализе нескольких исследований, в которых РНК SARS-CoV-2 была выделена из стула, фекально-оральный путь передачи может быть дополнительным потенциальным источником распространения инфекции. Наши результаты также предполагают, что тестирование вируса в кале с помощью ОТ-ПЦР в реальном времени может быть полезным для мониторинга и наблюдения за заболеванием.Текущие рекомендации Центров по контролю и профилактике заболеваний в отношении мер предосторожности на основе передачи для госпитализированных пациентов с COVID-19 основаны на отрицательных результатах по крайней мере двух последовательных образцов респираторного тракта, собранных с интервалом не менее 24 часов. 49 Исследование Сяо и др. 20 показало, что более 20% пациентов с инфекцией SARS-CoV-2 имеют положительные результаты тестов на вирусную РНК в кале даже после отрицательного преобразования вирусной РНК в дыхательных путях.Более того, фекально-оральная передача вируса может объяснить некоторые нозокомиальные инфекции, особенно те, которые возникают в отделениях эндоскопии. Внутрибольничная передача SARS-CoV-2 представляет собой серьезную проблему, поскольку по состоянию на 12 февраля 2020 года были инфицированы 3019 медицинских работников в Ухане, Китай, что составило почти 4% от общего числа инфекций в Ухане и отрицательно сказалось на здоровье. системы ухода. 21 , 50 Чтобы уменьшить количество инфекций, связанных с оказанием медицинской помощи, клиницисты должны принимать дополнительные меры предосторожности, когда пациент сообщает о диарее.

Насколько нам известно, этот систематический обзор и метаанализ предлагает самую последнюю информацию о продолжающейся вспышке COVID-19 с растущей информацией, сообщаемой за короткий промежуток времени, с акцентом на желудочно-кишечные симптомы и выделение фекальных вирусов из-за COVID-19. Это исследование предоставляет важную клиническую информацию и идеи для клиницистов и эпидемиологов, а также для будущих исследований.

Этот анализ имеет некоторые ограничения.Во-первых, большинство доступных исследований было проведено в Китае и представляло собой крупные серии случаев или наблюдательные исследования, которые подвержены методологическим ошибкам; однако обсервационные исследования в настоящее время являются единственным этическим типом исследований для измерения наличия желудочно-кишечных симптомов у пациентов с COVID-19. Более того, качество клинической оценки, индивидуальная история болезни - скрининг по сравнению с больничной базой данных, не было ясным в включенных исследованиях. Во-вторых, расчет размера выборки и проспективное изучение симптомов желудочно-кишечного тракта в течение естественного течения инфекции и ее последствий не были основными целями исследований, включенных в наш анализ, что ограничивает более глубокую интерпретацию объединенных итоговых оценок.В-третьих, несколько больших серий пациентов не сообщили о значительном количестве пациентов с симптомами желудочно-кишечного тракта. Однако не совсем ясно, были ли незначительные желудочно-кишечные симптомы занижены у пациентов, позднее поступивших с тяжелой мультисистемной органной недостаточностью, включая тяжелую пневмонию, или у этих пациентов фактически не было значительных желудочно-кишечных симптомов. Точно так же незначительные изменения в уровнях ферментов печени во время болезни могли быть занижены, и исследования, посвященные уровням ферментов, не могли быть включены из-за фокусировки нашего обзора.Это может повлиять на точное популяционное среднее представленных оценок, но трудно прийти к таким выводам, не имея истинных проспективных продольных исследований надежной силы с адекватным последующим наблюдением. Более того, в наших результатах отмечается значительная неоднородность. Это, вероятно, объясняется клинической и методологической неоднородностью, возникающей из-за того, что большинство исследований представляют собой серию случаев с низким увеличением или ретроспективны по своей природе с различными отчетами о симптомах и лабораторных исследованиях. Это также связано с тем, что высокая неоднородность является вероятным представлением распределения совокупности сводной оценки.Хотя мы использовали модель случайных эффектов, она все же оказала некоторое влияние на окончательные результаты. В условиях надвигающейся пандемии, хотя большинство данных было из одного региона мира, раннее сообщение этой информации может быть очень полезным для руководства лечением COVID-19.

Наши результаты позволяют предположить, что кишечный тропизм SARS-CoV-2 аналогичен предыдущим инфекциям SARS и что симптомы со стороны желудочно-кишечного тракта являются частым проявлением этой возникающей инфекции.Следует отметить, что, хотя симптомы со стороны желудочно-кишечного тракта встречаются часто, лихорадка, кашель и респираторные симптомы по-прежнему являются преобладающим типом проявления, основываясь на данных исследований, проведенных в Китае. В дополнение к призыву к повышению осведомленности об этом атипичном проявлении, эти результаты, касающиеся выделения вируса с фекалиями, предполагают, что SARS-CoV-2 может передаваться фекально-оральным путем, и поддерживают рассмотрение анализа стула с помощью ОТ-ПЦР для помощи в передаче: основанные на мерах предосторожности среди пациентов с инфекцией SARS-CoV-2.Наконец, особенно тревожным является присутствие обнаруживаемой РНК в желудочно-кишечном тракте, что делает использование оптимальных средств индивидуальной защиты и соблюдение современных национальных руководящих принципов инфекционного контроля весьма благоразумным.

Принято к публикации: 2 мая 2020 г.

Опубликовано: 11 июня 2020 г. doi: 10.1001 / jamanetworkopen.2020.11335

Открытый доступ: Это статья в открытом доступе, распространяемая в соответствии с условиями CC -По лицензии.© 2020 Parasa S et al. Открытая сеть JAMA .

Автор для переписки: Шраванти Параса, доктор медицины, Шведский медицинский центр, 1221 Мэдисон-стрит, Ste 1220, Сиэтл, Вашингтон 98104 ([email protected]).

Вклад авторов: Доктор Параса имел полный доступ ко всем данным в исследовании и берет на себя ответственность за целостность данных и точность анализа данных.

Концепция и дизайн: Parasa, Desai, Thoguluva Chandrasekar, Colombo, Repici, Sharma.

Сбор, анализ или интерпретация данных: Параса, Десаи, Тогулува Чандрасекар, Патель, Кеннеди, Рош, Спадаччини, Габбиадини, Артифон.

Составление рукописи: Параса, Десаи, Патель, Коломбо, Репичи.

Критический пересмотр рукописи с учетом важного интеллектуального содержания: Параса, Десаи, Тогулува Чандрасекар, Патель, Кеннеди, Рош, Спадаччини, Коломбо, Габбиадини, Артифон, Шарма.

Статистический анализ: Kennedy, Repici.

Административная, техническая или материальная поддержка: Параса, Десаи, Тогулува Чандрасекар, Пател.

Надзор: Параса, Рош, Артифон, Шарма.

Раскрытие информации о конфликте интересов: Д-р Шарма сообщил о получении личных гонораров от Boston Scientific и Olympus и грантов от US Endoscopy, Medtronics, Fujifilm, Ironwood, Cosmo Pharmaceuticals и Erbe помимо представленных работ. О других раскрытиях информации не сообщалось.

3.Ву Z, МакГуган JM. Характеристики вспышки коронавирусного заболевания 2019 (COVID-19) в Китае и важные уроки: краткое изложение отчета Китайского центра по контролю и профилактике заболеваний о 72314 случаях. ЯМА . Опубликовано в Интернете 24 февраля 2020 г. doi: 10.1001 / jama.2020.2648PubMedGoogle Scholar4.Wang Z, Чен X, Lu Y, Чен Ф, Чжан W. Клинические характеристики и терапевтическая процедура для четырех пациентов с новой коронавирусной пневмонией 2019 года, получавших комбинированное лечение китайской и западной медицины. Biosci Trends . 2020; 14 (1): 64-68. DOI: 10.5582 / bst.2020.01030PubMedGoogle ScholarCrossref 8. Чжан Х, Канг Z, Гонг H, и другие. Пищеварительная система - это потенциальный путь заражения 2019-nCov: биоинформатический анализ, основанный на одноклеточных транскриптомах. Препринт. Опубликовано 31 января, 2020. bioRxiv 2020.01.30.927806. DOI: 10.1101 / 2020.01.30.9278069.Zhou Дж, Ли C, Чжао G, и другие. Кишечный тракт человека служит альтернативным путем заражения коронавирусом ближневосточного респираторного синдрома. Научно-исследовательский центр . 2017; 3 (11): eaao4966. DOI: 10.1126 / sciadv.aao4966PubMedGoogle Scholar10.Zhang J, Ван S, Сюэ Y. Диагностика образцов кала Пневмония, инфицированная коронавирусом, 2019 г. J Med Virol . Опубликовано в Интернете 3 марта 2020 г. doi: 10.1002 / jmv.25742PubMedGoogle Scholar11.Liang W, Feng Z, Rao S, и другие. Можно недооценить диарею: недостающее звено в новом коронавирусе 2019 года. Препринт. Опубликовано 17 февраля 2020 г.medRxiv 2020.02.03.20020289. DOI: 10.1101 / 2020.02.03.2002028912.Holshue ML, DeBolt C, Линдквист S, и другие; Группа по расследованию дела о 2019-nCoV штата Вашингтон. Первый случай нового коронавируса 2019 года в США. N Engl J Med . 2020; 382 (10): 929-936. DOI: 10.1056 / NEJMoa2001191PubMedGoogle ScholarCrossref 14.Yang W, Цао Q, Цинь L, и другие. Клинические характеристики и визуальные проявления нового коронавирусного заболевания 2019 года (COVID-19): многоцентровое исследование в городе Вэньчжоу, Чжэцзян, Китай. J Заражение . 2020; 80 (4): 388-393. DOI: 10.1016 / j.jinf.2020.02.016PubMedGoogle ScholarCrossref 17.Xu XW, Wu XX, Цзян XG, и другие. Клинические данные в группе пациентов, инфицированных новым коронавирусом 2019 года (SARS-Cov-2), за пределами Ухани, Китай: ретроспективная серия случаев. BMJ . 2020; 368: m606. DOI: 10.1136 / bmj.m606PubMedGoogle ScholarCrossref 18.Chen H, Guo J, Ван C, и другие. Клинические характеристики и потенциал вертикальной внутриутробной передачи инфекции COVID-19 у девяти беременных женщин: ретроспективный обзор медицинских карт. Ланцет . 2020; 395 (10226): 809-815. DOI: 10.1016 / S0140-6736 (20) 30360-3PubMedGoogle ScholarCrossref 19.Wang D, Ju XL, Се F, и другие. Клинический анализ 31 случая новой коронавирусной инфекции 2019 г. у детей из шести провинций (автономных районов) северного Китая [на китайском языке]. Чжунхуа Эр Кэ За Чжи . 2020; 58 (4): 269-274. DOI: 10.3760 / cma.j.cn112140-20200225-00138PubMedGoogle Scholar22.Guan WJ, Ni ЗЫ, Ху Y, и другие; Китайская группа экспертов по лечению Covid-19.Клиническая характеристика коронавирусной болезни 2019 в Китае. N Engl J Med . 2020; 382 (18): 1708-1720. DOI: 10.1056 / NEJMoa2002032 PubMedGoogle ScholarCrossref 29.Chen L, Лю HG, Лю W, и другие. Анализ клинических особенностей 29 пациентов с новой коронавирусной пневмонией 2019 г. [на китайском языке]. Чжунхуа Цзе Хе Хе Ху Си За Чжи . 2020; 43 (3): 203-208.PubMedGoogle Scholar32.Luo S, Чжан X, Сюй H. Не упускайте из виду пищеварительные симптомы у пациентов с новым коронавирусным заболеванием 2019 года (COVID-19). Клин Гастроэнтерол Гепатол . 2020; S1542-3565 (20) 30401-30408. DOI: 10.1016 / j.cgh.2020.03.043PubMedGoogle Scholar33.Zhou Z, Чжао Н, Шу Y, Хан S, Чен Б, Шу Х. Влияние желудочно-кишечных симптомов на пациентов, инфицированных коронавирусной болезнью 2019. Гастроэнтерология . 2020; S0016-5085 (20) 30362-30370. DOI: 10.1053 / j.gastro.2020.03.020PubMedGoogle Scholar34.Jin X, Лиан JS, Ху JH, и другие.Эпидемиологическая, клиническая и вирусологическая характеристика 74 случаев заболевания коронавирусом 2019 г. (COVID-19) с желудочно-кишечными симптомами. Кишка . 2020; 69 (6): 1002-1009. DOI: 10.1136 / gutjnl-2020-320926PubMedGoogle ScholarCrossref 35.Zhang C, Gu J, Чен Q, и другие. Клиническая характеристика 34 детей с коронавирусной болезнью-2019 на западе Китая: серия случаев в нескольких центрах. Препринт. Опубликовано 16 марта 2020 г. medRxiv 2020.03.12.20034686. DOI: 10.1101 / 2020.03.12.2003468637.Qian GQ, Ян NB, Ding F, и другие. Эпидемиологические и клинические характеристики 91 госпитализированного пациента с COVID-19 в Чжэцзяне, Китай: ретроспективная серия случаев в нескольких центрах. QJM . Опубликовано в Интернете 17 марта 2020 г. doi: 10.1093 / qjmed / hcaa089PubMedGoogle Scholar38.Zhao Z, Се J, Инь М, и другие. Клинические и лабораторные профили 75 госпитализированных пациентов с новым коронавирусным заболеванием 2019 г. в Хэфэй, Китай.Препринт. Опубликовано 6 марта 2020 г. medRxiv 2020.03.01.20029785. DOI: 10.1101 / 2020.03.01.2002978539.Han C, Дуань C, Чжан S, и другие. Симптомы пищеварения у пациентов с COVID-19 с легкой степенью тяжести заболевания: клинические проявления, определение вирусной РНК в кале и результаты. Ам Дж. Гастроэнтерол . 2020. doi: 10.14309 / ajg.0000000000000664 PubMedGoogle Scholar40.Liu J, Оуян L, Guo P, и другие. Эпидемиологические, клинические характеристики и исходы медицинского персонала, инфицированного COVID-19 в Ухане, Китай: ретроспективный анализ серии случаев.Препринт. Опубликовано 13 марта 2020 г. medRxiv 2020.03.09.20033118. DOI: 10.1101 / 2020.03.09.2003311842.Молодой BE, Ong SWX, Калимуддин S, и другие; Сингапур, группа по исследованию вспышки нового коронавируса 2019 года. Эпидемиологические особенности и клиническое течение пациентов, инфицированных SARS-CoV-2, в Сингапуре. ЯМА . 2020; 323 (15): 1488-1494. DOI: 10.1001 / jama.2020.3204PubMedGoogle ScholarCrossref 43.Peng L, Лю Дж, Сюй W, Луо Q, Дэн К, Линь B, Гао Z.Новый коронавирус 2019 года можно обнаружить в образцах мочи, крови, мазков из анального канала и ротоглотки. Препринт. Опубликовано 25 февраля 2020 г. medRxiv 2020.02.21.20026179. DOI: 10.1101 / 2020.02.21.2002617945.Tan LV, Ngoc НМ, Это BTT, и другие. Продолжительность обнаружения вируса в горле и прямой кишке у пациента с COVID-19. Препринт. Опубликовано 16 марта 2020 г. medRxiv 2020.03.07.20032052. DOI: 10.1101 / 2020.03.07.2003205250.Wang Y, Ван Y, Чен Y, Цинь Вопрос.Уникальные эпидемиологические и клинические особенности появляющейся новой коронавирусной пневмонии 2019 года (COVID-19) требуют принятия специальных мер контроля. J Med Virol . Опубликовано в Интернете 5 марта 2020 г. doi: 10.1002 / jmv.25748PubMedGoogle Scholar

Что вам говорят ваши корма

Васудха Дхар, доктор медицины, специалист по повседневному здоровью

Как гастроэнтеролог, я несколько удивлен, что люди не уделяют больше внимания своим привычкам в ванной. Хотя это не самая приятная тема, на самом деле нет более простого способа узнать, что происходит внутри вашего тела, чем увидеть, что из этого выходит.

Одно из самых больших заблуждений о дефекации - это общепринятая вера в идеальный результат. Несколько лет назад один известный врач посоветовал всем нам стремиться увидеть «идеальную букву S» и что все остальное может указывать на какую-то проблему.

После этого объявления мой календарь встреч был забронирован на несколько недель. Я объяснил обеспокоенным пациентам, что на самом деле заявление знаменитого врача неверно. Желудочно-кишечный тракт каждого человека работает по-разному в зависимости от сочетания постоянных и изменяющихся факторов - генетики, гидратации, диетических привычек, приема лекарств и текущих проблем со здоровьем.

Подумайте об этом - иногда некоторые продукты вам просто не подходят, а иногда вы не пьете достаточно воды. Или, возможно, вы принимаете новое лекарство. Эти факторы могут на короткое время изменить консистенцию и калибр вашего стула, но обычно через несколько дней все возвращается в норму.

Частота испражнений также варьируется. Не все настроены на ежедневное опорожнение кишечника. Некоторые люди делают это каждые несколько дней, в то время как другие люди ходят более одного раза в день.Тем не менее, оба нормальные.

Изменения в привычках кишечника

Важно знать, как обычно функционирует ваш желудочно-кишечный тракт и какая у вас типичная деятельность кишечника. Если вы заметили длительное изменение, тогда вам нужно внимательно следить за тем, что происходит. Кроме того, если вы чувствуете боль или другие ярко выраженные симптомы, пора позвонить врачу.

Имейте в виду, если ваш стул меняется в течение недели или дольше, это не обязательно означает, что проблема со здоровьем находится в вашем желудочно-кишечном тракте.Недавно я увидел пациентку около сорока с небольшим лет, которая была обеспокоена тем, что ее стул изменился с обычного на более рыхлый, а частота его увеличилась. Она тоже худела.

После анализа крови и проведения других диагностических тестов мы узнали, что у нее гипертиреоз (сверхактивная щитовидная железа), состояние, при котором щитовидная железа вырабатывает слишком много гормона щитовидной железы, что вызывает симптомы, включая ускоренный метаболизм (вызывающий внезапную потерю веса). , учащение пульса, потоотделение и изменения дефекации.

5 Признаков кишечной болезни

Тело имеет способ выразить себя, когда есть внутренняя проблема, путем изменения дефекации. Вот пять предупреждающих знаков, которые нельзя игнорировать:

  1. Кровь в стуле. Если вы периодически видите даже небольшое количество крови в кале, обратитесь к врачу. Кровь может быть признаком геморроя или трещин заднего прохода, предраковых полипов толстой кишки или воспалительного заболевания кишечника (ВЗК). В худшем случае это может быть признаком рака.
  2. Изменение консистенции стула. У всех время от времени случаются приступы диареи. Но если раньше у вас был твердый стул, а теперь часто бывает диарея, это может быть признаком язвенного колита или болезни Крона, двух типов ВЗК, особенно если у вас также есть боль в животе, кровотечение и потеря веса.
  3. Изменение цвета. Опорожнение кишечника обычно коричневого цвета из-за желчи, которая вырабатывается в печени. Если стул черный, это может быть признаком внутреннего кровотечения.Зеленый стул обычно не о чем беспокоиться. Цвет стула также меняется в зависимости от того, какую пищу вы едите.
  4. Постоянная диарея. Диарея может быть признаком инфекции или пищевой непереносимости. Язвенный колит и некоторые другие микроскопические заболевания толстой кишки также могут вызывать изменения частоты стула. Это также может быть результатом смены лекарств или заболевания раздраженного кишечника.
  5. Запор. Если у вас впервые появился запор, это может быть связано с недостаточным увлажнением или побочными эффектами лекарств.Синдром раздраженного кишечника (СРК) также может быть рассмотрено. Если ваши симптомы не улучшатся через несколько дней после увеличения жидкости, обратитесь к врачу.

Лучший образ жизни, лучший кишечник

Людей, страдающих хроническими проблемами с туалетом, должен осмотреть врач. Большинство состояний можно вылечить с помощью лекарств и изменения образа жизни. Заболевание раздраженного кишечника - одно из наиболее распространенных состояний, поражающих толстую кишку (толстую кишку). Это вызывает спазмы, боли в животе, вздутие живота, газы, диарею и запор.Это хроническое заболевание, которое вам нужно будет контролировать в течение длительного времени с помощью диеты, физических упражнений, управления стрессом и лекарств.

Большинство желудочно-кишечных проблем можно решить, просто изменив свой рацион и образ жизни. В менее тяжелых случаях могут оказаться полезными следующие изменения в питании и упражнениях:

  • Ешьте необработанные натуральные продукты, включая богатые клетчаткой овощи.
  • Избегайте искусственных подсластителей, фруктозы, химических добавок, глутамата натрия, чрезмерного количества кофеина.
  • Повысьте уровень кишечной флоры, добавив в свой рацион естественно ферментированные продукты - например, квашеную капусту, соленые огурцы и кефир.
  • Добавьте пробиотические добавки, если вы не получаете достаточно хороших бактерий из своего рациона.
  • Старайтесь выпивать два литра воды в день.
  • Регулярно занимайтесь спортом.
  • Если вы принимаете лекарства каждый день, спросите у лечащего врача, могут ли они повлиять на ваш стул.
  • Примите меры для минимизации хронического стресса.

Обязательно поговорите со своим врачом, прежде чем вносить какие-либо изменения в свой распорядок здоровья.Следите за своим испражнениями так же, как вы следите за своим весом, измеряете артериальное давление и оцениваете частоту сердечных сокращений. Привычки в ванной комнате могут быть предупреждающими признаками того, что что-то не так и что вам нужно пройти обследование у медицинского работника.

Произошла ошибка при настройке пользовательского файла cookie

Этот сайт использует файлы cookie для повышения производительности. Если ваш браузер не принимает файлы cookie, вы не можете просматривать этот сайт.


Настройка вашего браузера для приема файлов cookie

Существует множество причин, по которым cookie не может быть установлен правильно. Ниже приведены наиболее частые причины:

  • В вашем браузере отключены файлы cookie. Вам необходимо сбросить настройки своего браузера, чтобы он принимал файлы cookie, или чтобы спросить вас, хотите ли вы принимать файлы cookie.
  • Ваш браузер спрашивает вас, хотите ли вы принимать файлы cookie, и вы отказались. Чтобы принять файлы cookie с этого сайта, используйте кнопку "Назад" и примите файлы cookie.
  • Ваш браузер не поддерживает файлы cookie. Если вы подозреваете это, попробуйте другой браузер.
  • Дата на вашем компьютере в прошлом. Если часы вашего компьютера показывают дату до 1 января 1970 г., браузер автоматически забудет файл cookie. Чтобы исправить это, установите правильное время и дату на своем компьютере.
  • Вы установили приложение, которое отслеживает или блокирует установку файлов cookie. Вы должны отключить приложение при входе в систему или проконсультироваться у системного администратора.

Почему этому сайту требуются файлы cookie?

Этот сайт использует файлы cookie для повышения производительности, запоминая, что вы вошли в систему, когда переходите со страницы на страницу. Чтобы предоставить доступ без файлов cookie потребует, чтобы сайт создавал новый сеанс для каждой посещаемой страницы, что замедляет работу системы до неприемлемого уровня.


Что сохраняется в файле cookie?

Этот сайт не хранит ничего, кроме автоматически сгенерированного идентификатора сеанса в cookie; никакая другая информация не фиксируется.

Как правило, в файле cookie может храниться только информация, которую вы предоставляете, или выбор, который вы делаете при посещении веб-сайта. Например, сайт не может определить ваше имя электронной почты, пока вы не введете его. Разрешение веб-сайту создавать файлы cookie не дает этому или любому другому сайту доступа к остальной части вашего компьютера, и только сайт, который создал файл cookie, может его прочитать.

Культура стула | Лабораторные тесты онлайн

Источники, использованные в текущем обзоре

Девкота, Б.(Обновлено 16 января 2014 г.). Культура стула. Спасательные препараты и болезни. [Он-лайн информация]. Доступно в Интернете по адресу http://emedicine.medscape.com/article/2107038-overview. Доступно 02.08.16.

Гуандалини С. и Фрай Р. (обновлено 19 августа 2015 г.). Понос. Наркотики и болезни, помогающие избежать [он-лайн информация]. Доступно в Интернете по адресу http://emedicine.medscape.com/article/928598-overview. Доступно 02.08.16.

Lehrer, J. (обновлено 15 мая 2014 г.). Фекальный посев. Медицинская энциклопедия MedlinePlus [Он-лайн информация].Доступно в Интернете по адресу https://www.nlm.nih.gov/medlineplus/ency/article/003758.htm. Доступно 02.08.16.

Dowshen, S. (сентябрь 2014 г., обзор). Анализ стула: культура бактерий. KidsHealth от Nemours [Он-лайн информация]. Доступно в Интернете по адресу http://kidshealth.org/parent/system/medical/test_bac_culture.html. Доступно 02.08.16.

(обновлено в январе 2016 г.). Понос. ARUP Консультации [Он-лайн информация]. Доступно в Интернете по адресу https://live.arupconsult.com/node/1961/?tab=tab_item-3.Доступно 02.08.16.

Персонал MLO. (2013 17 августа). Молекулярная революция в диагностическом тестировании ЖКТ. MLO [Он-лайн информация]. Доступно в Интернете по адресу http://www.mlo-online.com/molecular-revolution-entering-gi-diagnostic-testing.php. Доступно 02.08.16.

Ролек, К. и др. (3 декабря 2014 г.). Группа экспертов по патогенам желудочно-кишечного тракта. Небраска Медицина [Он-лайн информация]. Доступно в Интернете по адресу http://www.nebraskamed.com/app_files/pdf/careers/education-programs/asp/gi-panel-guidance-12-3-14.pdf. Доступно 02.08.16.

Stein A, et al. Диарея, вызванная химиотерапией: патофизиология, частота и лечение на основе рекомендаций. Ther Adv Med Oncol . 2010 Янв; 2 (1): 51–63. Доступно в Интернете по адресу http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3126005/. По состоянию на март 2016 г.

Симпозиум, Связь медицинской ассоциации и Двадцать седьмой ежегодный конгресс Общества медсестер онкологов. Управление симптомами диареи, вызванной химиотерапией: мультидисциплинарный подход.Доступно в Интернете по адресу http://www.cmecorner.com/macmcm/ons/ons2002_05.htm. По состоянию на март 2016 г.

Коселке Э., Крафт С. Диарея, вызванная химиотерапией: варианты лечения и профилактики. J журнал гематологии, онкологии и фармации; Декабрь 2012 г. Том 2, № 4. Доступно на сайте http://jhoponline.com/jhop-issue-archive/2012-issues/de December-2012-vol-3-no-4/15408-chemotherapy-unduced-diarrhea- параметры. По состоянию на март 2016 г.

Источники, использованные в предыдущих обзорах

Томас, Клейтон Л., Редактор (1997). Циклопедический медицинский словарь Табера. Компания F.A. Davis, Филадельфия, Пенсильвания [18-е издание].

Пагана, Кэтлин Д. и Пагана, Тимоти Дж. (2001). Справочник по диагностическим и лабораторным испытаниям Мосби, 5-е издание: Mosby, Inc., Сент-Луис, Миссури.

(6 марта 2003 г.). Диарейная кишечная палочка. CDC, Отдел бактериальных и микотических заболеваний, информация о болезнях [онлайн-информация]. Доступно в Интернете по адресу http://www.cdc.gov/ncidod/dbmd/diseaseinfo/diarrecoli_t.htm.

(6 сентября 2002 г.). Campylobacter инфекции. CDC, Отдел бактериальных и микотических заболеваний, информация о болезнях [онлайн-информация]. Доступно в Интернете по адресу http://www.cdc.gov/ncidod/dbmd/diseaseinfo/campylobacter_g.htm.

(3 июля 2003 г., обновлено). Escherichia coli O157: H7. CDC, Отдел бактериальных и микотических заболеваний, информация о болезнях [онлайн-информация]. Доступно в Интернете по адресу http://www.cdc.gov/ncidod/dbmd/diseaseinfo/escherichiacoli_g.htm.

(8 марта 2001 г.).Escherichia coli O157: H7, Техническая информация. CDC, Отдел бактериальных и микотических заболеваний, информация о болезнях [онлайн-информация]. Доступно в Интернете по адресу http://www.cdc.gov/ncidod/dbmd/diseaseinfo/escherichiacoli_t.htm.

(7 марта 2003 г.). Salmonella Enteritidis. CDC, Отдел бактериальных и микотических заболеваний, информация о болезнях [онлайн-информация]. Доступно в Интернете по адресу http://www.cdc.gov/ncidod/dbmd/diseaseinfo/salment_g.htm.

(9 июня 2003 г.). Сальмонеллез. CDC, Отдел бактериальных и микотических заболеваний, информация о болезнях [онлайн-информация].Доступно в Интернете по адресу http://www.cdc.gov/ncidod/dbmd/diseaseinfo/salmonellosis_g.htm.

(7 марта 2003 г.). Шигеллез. CDC, Отдел бактериальных и микотических заболеваний, информация о болезнях [онлайн-информация]. Доступно в Интернете по адресу http://www.cdc.gov/ncidod/dbmd/diseaseinfo/shigellosis_g.htm.

(20 июня 2001 г.). Брюшной тиф. CDC, Отдел бактериальных и микотических заболеваний, информация о болезнях [онлайн-информация]. Доступно в Интернете по адресу http://www.cdc.gov/ncidod/dbmd/diseaseinfo/typhoidfever_g.htm.

(апрель 2000 г.). E. Coli Инфекция. AAFP, familydoctor.org, Раздаточный материал [он-лайн информация]. Доступно в Интернете по адресу http://familydoctor.org/handouts/242.html.

Граха, П. (22 декабря 2002 г.). Campylobacter Enteritis. Медицинская информация MedlinePlus, Медицинская энциклопедия [он-лайн информация]. Доступно в Интернете по адресу http://www.nlm.nih.gov/medlineplus/ency/article/000224.htm.

Котт, К. (20 февраля 2002 г.). Энтерит, вызванный кишечной палочкой. Медицинская информация MedlinePlus, Медицинская энциклопедия [он-лайн информация].Доступно в Интернете по адресу http://www.nlm.nih.gov/medlineplus/ency/article/000296.htm.

Коттон, К. (8 января 2002 г.). Фекальный посев. Медицинская информация MedlinePlus, Медицинская энциклопедия [он-лайн информация]. Доступно в Интернете по адресу http://www.nlm.nih.gov/medlineplus/ency/article/003758.htm.

Коттон, К. (3 августа 2001 г.). Сальмонеллезный энтероколит. Медицинская информация MedlinePlus, Медицинская энциклопедия [он-лайн информация]. Доступно в Интернете по адресу http://www.nlm.nih.gov/medlineplus/ency/article/000294.htm.

Парсонс, К. (31 июля 2002 г.). Шигеллезный энтерит. Медицинская информация MedlinePlus, Медицинская энциклопедия [он-лайн информация]. Доступно в Интернете по адресу http://www.nlm.nih.gov/medlineplus/ency/article/000295.htm.

Пагана, Кэтлин Д. и Пагана, Тимоти Дж. (© 2007). Справочник по диагностическим и лабораторным испытаниям Мосби, 8-е издание: Mosby, Inc., Сент-Луис, Миссури. Стр. 887.

Ву, А. (2006). Клиническое руководство по лабораторным исследованиям Тиц, четвертое издание. Сондерс Эльзевир, ул.Луис, штат Миссури. С. 1607-1610.

Лентнек А. (12 ноября 2007 г., обновлено). Фекальная культура. Медицинская энциклопедия MedlinePlus [Он-лайн информация]. Дата обращения: 30.01.08. Доступно в Интернете по адресу http://www.nlm.nih.gov/medlineplus/ency/article/003758.htm.

(январь 2011 г.). Понос. Национальный информационный центр по заболеваниям пищеварительной системы [он-лайн информация]. Доступно в Интернете по адресу http://digestive.niddk.nih.gov/ddiseases/pubs/diarrhea/. По состоянию на май 2011 г.

Гуандалини, С.(Обновлено 8 апреля 2010 г.). Понос. Справочник по Medscape [Он-лайн информация]. Доступно в Интернете по адресу http://emedicine.medscape.com/article/928598-overview. По состоянию на май 2011 г.

Vorvick, L. et. al. (Обновлено 4 мая 2010 г.). Фекальный посев. Медицинская энциклопедия MedlinePlus [Он-лайн информация]. Доступно в Интернете по адресу http://www.nlm.nih.gov/medlineplus/ency/article/003758.htm. По состоянию на май 2011 г.

Фишер М. (обновлено в апреле 2011 г.). Диарея, оценка бактерий. ARUP Консультации [Он-лайн информация].Доступно в Интернете по адресу http://www.arupconsult.com/Topics/BacterialDiarrhea.html?client_ID=LTD. По состоянию на май 2011 г.

(© 1995–2011). Код единицы 50005: Культура кишечных патогенов, стул. Клиника Мэйо Медицинские лаборатории Мэйо [Он-лайн информация]. Доступно в Интернете по адресу http://www.mayomedicallaboratories.com/test-catalog/Clinical+and+Interpretive/50005. По состоянию на май 2011 г.

Пагана, К. Д. и Пагана, Т. Дж. (© 2011). Справочник Мосби по диагностическим и лабораторным испытаниям, 10-е издание: Mosby, Inc., Сент-Луис, Миссури. Стр. 911-912.

Forbes BA, Sahm DF, Weissfeld AS. Диагностическая микробиология Бейли и Скотта, 12-е издание: Мосби Эльзевьер, Сент-Луис, Миссури; 2007, С. 873-883.

каловых жиров | Лабораторные тесты онлайн

Источники, использованные в текущем обзоре

(© 2020). Жир, Кал. Клиника Мэйо Медицинские лаборатории Мэйо. Доступно в Интернете по адресу http://www.mayomedicallaboratories.com/test-catalog/Overview/8310. По состоянию на ноябрь 2020 г.

Дагдейл, Д.(Обновлено 3 декабря 2020 г.). Нарушение всасывания. Медицинская энциклопедия MedlinePlus. Доступно в Интернете по адресу http://www.nlm.nih.gov/medlineplus/ency/article/000299.htm. По состоянию на декабрь 2020 г.

Дельгадо Дж. И Гренаш Д. (ноябрь 2017 г.). Нарушение всасывания. ARUP Consult. Доступно на сайте https://arupconsult.com/content/malabsorption. По состоянию на декабрь 2020 г.

Азер С.А., Санкарараман С. Стеаторея. [Обновлено 23 мая 2020 г.]. В: StatPearls [Интернет]. Остров сокровищ (Флорида): StatPearls Publishing; 2020 Янв.Доступно на сайте https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK541055/. По состоянию на декабрь 2020 г.

Источники, использованные в предыдущих обзорах

Dugdale, D. (Обновлено 14 августа 2010 г.) Fecal Fat. Медицинская энциклопедия MedlinePlus [Он-лайн информация]. Доступно в Интернете по адресу http://www.nlm.nih.gov/medlineplus/ency/article/003588.htm. По состоянию на июнь 2011 г.

(© 1995-2011). Код единицы 8310: Жир, Кал. Клиника Мэйо Медицинские лаборатории Мэйо [Он-лайн информация]. Доступно в Интернете по адресу http: // www.mayomedicallaboratories.com/test-catalog/Overview/8310. По состоянию на июнь 2011 г.

Dugdale, D. (Обновлено 7 июля 2010 г.). Нарушение всасывания. Медицинская энциклопедия MedlinePlus [Он-лайн информация]. Доступно в Интернете по адресу http://www.nlm.nih.gov/medlineplus/ency/article/000299.htm. По состоянию на июнь 2011 г.

Дельгадо Дж. И Гренаш Д. (обновлено в ноябре 2010 г.). Нарушение всасывания. ARUP Консультации [Он-лайн информация]. Доступно в Интернете по адресу http://www.arupconsult.com/Topics/Malabsorption.html?client_ID=LTD.По состоянию на июнь 2011 г.

Руис, А. (отредактировано в январе 2008 г.). Нарушение всасывания. Пособие Merck для специалистов здравоохранения [Он-лайн информация]. Доступно в Интернете по адресу http://www.merckmanuals.com/professional/sec02/ch017/ch017a.html?qt=malabsorption&alt=sh. По состоянию на июнь 2011 г.

Пагана, К. Д. и Пагана, Т. Дж. (© 2011). Справочник по диагностическим и лабораторным испытаниям Мосби, 10-е издание: Mosby, Inc., Сент-Луис, Миссури. С. 441-442.

Кларк В. и Дюфур Д. Р., редакторы (© 2006).Современная практика клинической химии: AACC Press, Вашингтон, округ Колумбия. С. 304-305.

Ву, А. (© 2006). Клиническое руководство Tietz по лабораторным испытаниям, 4-е издание: Saunders Elsevier, Сент-Луис, Миссури. С. 384-387.

Клиническая диагностика и лечение Генри с помощью лабораторных методов. 21-е изд. Макферсон Р., Пинкус М., ред. Филадельфия, Пенсильвания: Saunders Elsevier: 2007, стр. 291-292.

Учебник Тиц по клинической химии и молекулярной диагностике. Burtis CA, Ashwood ER, Bruns DE, ред.Сент-Луис: Эльзевьер Сондерс; 2006, стр. 1878–1881.

Lehrer, J. (Обновлено 19 августа 2014 г.). Фекальный жир. Медицинская энциклопедия MedlinePlus [Он-лайн информация]. Доступно на сайте https://www.nlm.nih.gov/medlineplus/ency/article/003588.htm. Доступно 10.08.15.

(обновлено 14 июля 2015 г.). Синдром короткой кишки. Национальный институт диабета, болезней пищеварительной системы и почек [онлайн-информация]. Доступно в Интернете по адресу http://www.niddk.nih.gov/health-information/health-topics/digestive-diseases/short-bowel-syndrome/Pages/facts.aspx. Доступно 10.08.15.

Goebel, S. (обновлено 16 декабря 2014 г.). Нарушение всасывания. Наркотики и болезни, спасающие жизнь [он-лайн информация]. Доступно в Интернете по адресу http://emedicine.medscape.com/article/180785-overview. Доступно 10.08.15.

Stefano Guandalini, S. et. al. (Обновлено 17 июля 2015 г.). Детская мальабсорбция. Наркотики и болезни, спасающие жизнь [он-лайн информация]. Доступно в Интернете по адресу http://emedicine.medscape.com/article/931041-overview. Доступно 10.08.15.

Дельгадо, Дж.и Гренаш, Д. (обновлено за сентябрь 2015 г.). Нарушение всасывания. ARUP Консультации [Он-лайн информация]. Доступно в Интернете по адресу http://www.arupconsult.com/Topics/Malabsorption.html?client_ID=LTD. Доступно 10.08.15.

Руис А. (редакция, май 2014 г.). Обзор мальабсорбции. Профессиональная версия руководства Merck [Электронная информация]. Доступно в Интернете по адресу http://www.merckmanuals.com/professional/SearchResults?query=malabsorption. Доступно 10.08.15.

Обогащение на основе метилирования обеспечивает дешевое, неинвазивное секвенирование в геномном масштабе популяций из фекалий

Образцы

Образцы крови и фекалий были собраны у шести павианов, содержащихся в неволе (род Papio ), размещенных в Юго-Западном национальном исследовательском центре приматов (SNPRC) в Техасском институте биомедицинских исследований.Лица были либо P . анубис или гибридное происхождение (дополнительная таблица S1). Все шесть павианов получали диету, произведенную Purina LabDiet («Обезьяний рацион 15%»), содержащую минимум 15% сырого протеина, 4% минимум сырого жира и 10% максимум сырой клетчатки. В отдельных случаях седации кровь и кал были собраны у того же человека, который был изолирован на время седации. После центрифугирования лейкоцитную пленку выделяли из образцов крови и хранили при -80 ° C.2 мл фекалий также собирали в пробирки объемом 8 мл, содержащие 4 мл RNALater (Ambion).

Кроме того, мы собрали или получили образцы фекалий 46 диких бабуинов в Замбии. Образцы были собраны в период с 2006 по 2015 год в долине Луангва, национальном парке Нижняя Замбези, Чома или национальном парке Кафуэ, и их количество составляет P . вроде × P . cynocephalus , P . ursinus griseipes или P . вроде × P . ursinus griseipes предков (дополнительная таблица S1). Как и в случае образцов SNPRC, 2 мл фекалий собирали в пробирки объемом 8 мл, содержащие 4 мл RNALater. Однако, в отличие от образцов SNPRC, эти образцы были собраны неинвазивным образом у необитаемых животных в отдаленных полевых условиях. Следовательно, образцы нельзя было отнести к конкретным животным, хотя образцы были отобраны во избежание дублирования с использованием полевых наблюдений или географического расстояния. После сбора образцы хранили без охлаждения в течение 1–6 месяцев перед замораживанием при –20 ° C для длительного хранения.

Все процедуры с живыми животными проводились в соответствии с соответствующими инструкциями и правилами. Экспериментальные процедуры в SNPRC были проведены с одобрения Институционального комитета по уходу и использованию животных Техасского института биомедицинских исследований (протокол № 1403 PC 0). Седация и забор крови проводились под наблюдением ветеринара, и животные были немедленно возвращены в их вольеры после выздоровления. Сбор образцов в Замбии проводился с одобрения Комитета по изучению животных Вашингтонского университета (гарантия № A-3381–01) и в соответствии с местными законами и постановлениями Замбии.

Экстракции лейкоцитов выполняли с использованием мини-набора QIAamp DNA Blood Mini (Qiagen), следуя инструкциям производителя. Экстракцию фекалий проводили с использованием мини-набора QIAamp DNA Stool Mini (Qiagen) в соответствии с инструкциями производителя по оптимизации выхода ДНК хозяина. Концентрацию ДНК и выход измеряли с помощью Qubit dsDNA BR Assay (Life Technologies). В некоторых случаях требовалось несколько экстракций ДНК у одних и тех же людей, когда ДНК истощалась в ходе этого исследования.

Мы оценили долю ДНК хозяина для каждой экстракции фекальной ДНК с помощью количественной ПЦР (кПЦР), сравнив оценки концентрации ДНК хозяина, полученные с помощью кПЦР, с оценками общей концентрации фекальной ДНК, полученными с помощью Qubit. Амплификацию проводили с использованием универсальных праймеров MYCBP для млекопитающих 36 и оценивали по стандартной кривой, построенной на основе ДНК печени отдельного павиана. Образцы и стандарты были проанализированы в двух экземплярах вместе с положительным и отрицательным контролями (подробные сведения см. В дополнительном протоколе).

Обогащение ДНК

ДНК было обогащено с использованием набора NEBNext Microbiome DNA Enrichment Kit (New England Biolabs) 22 .

MBD2-Fc-связанных магнитных шариков получали в соответствии с инструкциями производителя партиями от 40 до 160 мкл. Для каждой партии n мкл мы предварительно связали 0,1 × n мкл белка MBD2-Fc с магнитными шариками n мкл белка A, инкубируя смесь с вращением в течение 10 мин при комнатной температуре. Связанные магнитные шарики MBD2-Fc затем собирали магнитом и дважды промывали 1 мл ледяного 1x буфера связывания / промывки перед ресуспендированием в n мкл ледяного 1x буфера связывания / промывки.

В качестве пилотного эксперимента мы подготовили две последовательные библиотеки, библиотеку A и библиотеку B, следуя инструкциям производителя по улавливанию метилированной ДНК хозяина, с небольшими модификациями протокола, включенными для второй пилотной библиотеки (библиотека B). Библиотека A включала обогащенную MBD фекальную ДНК 4 павианов SNPRC и 2 павианов долины Луангва, а также ДНК крови тех же павианов SNPRC. Библиотека B включала обогащенную MBD фекальную ДНК 4 павианов SNPRC (с двумя повторами из библиотеки A), 4 павианов национального парка Кафуэ и 2 павианов долины Луангва, а также ДНК крови 2 павианов SNPRC.Для каждого образца фекальной ДНК мы объединили 1-2 мкг экстрагированной фекальной ДНК со 160 мкл приготовленных шариков, связанных с белком, и переменным объемом ледяного 5-кратного буфера связывания / промывки для поддержания 1х концентрации буфера связывания / промывки. После объединения бус и ДНК инкубировали смесь при комнатной температуре с вращением в течение 15 мин. Затем магнитные шарики, связанные с ДНК и MBD2-Fc, собирали с помощью магнита и удаляли супернатант. Для образцов в библиотеке A мы промывали собранные шарики 1 мл ледяного буфера для связывания / промывки 1x.Для образцов в библиотеке B мы провели три расширенных этапа промывки, чтобы максимально удалить несвязанную ДНК. Для каждой промывки в библиотеке B мы добавляли 1 мл ледяного 1x буфера связывания / промывки и перемешивали шарики на вращающемся миксере в течение трех минут при комнатной температуре перед сбором шариков с помощью магнита и удалением супернатанта. После последней промывки мы ресуспендировали и инкубировали шарики при 65 ° C со 150 мкл 1x TE-буфера и 15 мкл протеиназы K в течение 20 минут с периодическим перемешиванием. Затем элюированную ДНК отделяли магнитом, очищали с помощью 1.5x самодельная смесь шариков SPRI 31 и количественно определена с помощью анализа Qubit dsDNA HS (Life Technologies).

Наши результаты пилотного секвенирования из библиотек A и B выявили большой разброс в процентном соотношении считываний, отображаемых в геном павиана, с процентами картирования от 1,1% до 79,3%, причем большая часть вариации коррелирует с долей ДНК хозяина в необогащенный образец фекальной ДНК (дополнительный рисунок S3). Чтобы расширить применимость протокола обогащения ко всем образцам фекальной ДНК, мы провели серию экспериментов по захвату, предназначенных для оптимизации обогащения ДНК хозяина из образцов «низкого качества» (т.е., образцы с низкой долей ДНК хозяина). Для этих экспериментов мы искусственно моделировали фекальную ДНК путем объединения высококачественной геномной ДНК печени павиана или крови (печень: SNPRC ID # 19334; кровь: SNPRC ID # 14068 или # 25567) с E . coli ДНК (штаммы K12 или ATCC 11303) в контролируемых пропорциях. Полученная после обогащения пропорция павиана и E . ДНК coli оценивали с помощью кПЦР в двух анализах с использованием (1) универсальных праймеров для млекопитающих MYCBP 36 и (2) универсальных бактериальных 16 S рРНК (16 S) 37 вместе со стандартами, созданными из тех же соответствующих организмов ( эксперименты и результаты подробно описаны в дополнительной таблице S2).

На основе этих экспериментов по оптимизации захвата мы подготовили последующие библиотеки, используя версию протокола, включающую модификации, продемонстрированные для улучшения обогащения. Несмотря на преимущественное связывание CpG-метилированной ДНК, комплекс-приманка MBD2-Fc, тем не менее, связывает часть неметилированной ДНК. Поэтому мы стремились минимизировать как абсолютное, так и относительное количество связывания неметилированной ДНК с комплексом бусинок. В наших тестах количество и доля неметилированной связанной ДНК были самыми высокими, когда отношение комплекса магнитных шариков MBD2-Fc к общему количеству ДНК было высоким, что свидетельствует об избытке сайтов связывания MBD2 при относительно небольшой доле CpG-метилированной ДНК.Поэтому мы уменьшили соотношение подготовленных MBD2-Fc-связанных магнитных гранул к общей ДНК, настроив количество гранул до расчетного количества CpG-метилированной ДНК хозяина. Поскольку количество CpG-метилированной ДНК хозяина в фекалиях чрезвычайно мало, эта модификация также значительно снизила стоимость реагентов. В ходе наших экспериментов по оптимизации мы обнаружили, что включение дополнительной стадии промывки снижает количество захваченной неметилированной загрязненной ДНК. Наконец, мы разработали метод серийного обогащения образцов (повторение протокола обогащения), который существенно улучшил результаты.Наши первоначальные серийные эксперименты по обогащению не смогли восстановить ДНК, вероятно, из-за использования протеиназы К (в сочетании с буфером ТЕ) в протоколе элюирования производителя. Предполагая, что неполное удаление протеиназы К даже после очистки гранул мешает протоколу обогащения, мы вместо этого элюировали ДНК с использованием высокой (2 М) концентрации NaCl, что привело к успешному серийному обогащению. Эти изменения вместе с полностью измененным протоколом подробно описаны в Дополнительном протоколе.

Для наших следующих двух библиотек, библиотек C и D, мы добавили гораздо меньший объем подготовленных MBD2-Fc-связанных магнитных шариков (1-22 мкл) на основе расчетной доли исходной ДНК хозяина, поддерживая постоянный объем реакции захвата при относительно низком уровне 40 мкл (концентрирование образцов по мере необходимости с использованием очистки шариков SPRI) добавляли дополнительную стадию промывки, на которой образцы ресуспендировали в 100 мкл 1x буфера для связывания / промывки, затем инкубировали при комнатной температуре в течение 3 минут с вращением и элюировали образцы в 100 мкл 2 М NaCl.Для четырех образцов фекальной ДНК в библиотеке C и для всей библиотеки D мы последовательно обогащали образцы, повторяя реакцию захвата с 30 мкл ДНК, обогащенной MBD (после очистки SPRI-бусинок). Библиотека C включала фекальную ДНК 5 павианов SNPRC, 2 павианов национального парка Кафуэ и 1 павиана долины Луангва. Библиотека D содержала фекальную ДНК 6 павианов национального парка Нижняя Замбези, 4 бабуинов Чома и 30 бабуинов национального парка Кафуэ. Мы подготовили финальную библиотеку, библиотеку E, из независимо выделенной ДНК крови пяти павианов SNPRC, чтобы количественно оценить стохастичность, связанную с получением независимой библиотеки из независимых экстрактов.Состав библиотек A-E подробно описан в дополнительных таблицах S2-S3.

Подготовка библиотеки и секвенирование

Подготовка библиотеки следовала стандартным процедурам секвенирования ДНК, ассоциированной с сайтом рестрикции (ddRADseq) с двойным гидролизом (ddRADseq) 27 с модификациями для обеспечения низкого ввода, как описано ниже.

Для всех образцов, включая ДНК крови и ДНК фекалий, обогащенную MBD, мы расщепили ДНК с помощью Sph I и Mlu CI (New England Biolabs), соблюдая соотношение 1 единица каждого фермента на 20 нг ДНК.Ферменты разводили до 10 раз, используя совместимые разбавители (New England Biolabs), чтобы облегчить пипетирование небольших количеств, используя избыток фермента, если необходимо, чтобы избежать пипетирования менее 1 мкл разбавленной смеси ферментов. Поскольку общее количество фекальной ДНК после обогащения по своей природе низкое, мы скорректировали концентрации адаптеров в реакции лигирования до ~ 0,1 мкМ для P1 со штрих-кодом и ~ 3 мкМ для P2, что соответствует избытку адаптеров на 1-2 порядка величины. . Поскольку образцы с лигированным адаптером объединяются в пулы в эквимолярных количествах, мы приложили усилия, чтобы объединить образцы с аналогичными концентрациями и обогащением, если они известны.Мы использовали BluePippin (Sage Science) с кассетой с 1,5% агарозным гелем для автоматического выбора размера объединенных особей с целевым значением 300 п.н. (включая адаптеры) и извлечением «узкого» диапазона сбора (± 39 п.н.). Для ПЦР-амплификации мы провели все реакции в четырех повторностях, чтобы минимизировать ошибки ПЦР, и попытались ограничить количество циклов ПЦР. Поскольку концентрация пулов после отбора по размеру была ниже пределов обнаружения без потери значительной части образца, оценка необходимого количества циклов ПЦР была затруднена.Поэтому мы итеративно определили количество продуктов после ПЦР и добавили циклы по мере необходимости. Общее количество циклов ПЦР на пул указано в дополнительной таблице S3, но обычно их было 24. Наконец, библиотеки секвенировали с использованием либо Illumina MiSeq (библиотеки A-C; 2 × 150 парных концов), либо Illumina HiSeq. 2500 (библиотека D; 2 × 100 парных концов) секвенирования с 30% -ным введением контрольной ДНК PhiX.

Анализ

Мы демультиплексировали чтения по образцам и сопоставили их с эталонным геномом павиана (Panu 2.0; Baylor College of Medicine Human Genome Sequencing Center) с использованием BWA с параметрами по умолчанию и алгоритма BWA-ALN 38 . Для каждой пары образцов крови и кала от одного и того же человека мы провели субдискретизацию сопоставленных чтений, чтобы создать новые пары с равным охватом, чтобы контролировать систематические ошибки из-за различий в глубине секвенирования. После перестройки индексов мы идентифицировали варианты с помощью GATK UnifiedGenotyper 39 , в параллельном анализе (1) вызывали варианты сразу во всех образцах и (2) обрабатывали каждый образец изолированно, чтобы избежать смещения вызовов вариантов из других образцов за счет точности .Гомозиготные сайты, соответствующие эталонному геному, были перечислены как отсутствующие, когда варианты были выведены у отдельных людей. Варианты были отфильтрованы с помощью GATK VariantFiltration (фильтры: QD <2,0, MQ <40,0, FS> 60,0, HaplotypeScore> 13,0, MQRankSum <-12,5, ReadPosRankSum <-8,0), и индели были исключены.

Мы переварили эталонный геном павиана in silico , подсчитали чтения в пределах каждого предсказанного RADtag и собрали следующую информацию о каждой области: длина, процент GC и количество CpG в области ± 5 kb.Мы также рассчитали глубину чтения в этих смоделированных RADtags. Распределение длины RAD-меток в крови и кале, процента GC и локальной плотности CpG (дополнительный рисунок S2) сравнивали с помощью тестов суммы рангов Вилкоксона и визуально проверяли на предмет возможных грубых искажений из-за широко распространенного выпадения.

Если процедура обогащения кала вызвала массовое выпадение аллелей, доля аллелей, уникальных для образцов крови, была бы выше, чем для образца кала. Мы подсчитали эти уникальные аллели, используя VCFtools 40 , чтобы вычислить несогласованность для каждого сайта «--diff-site-discordance», а также матрицу несогласованности «--diff-discordance-matrix», и проанализировали результаты, чтобы вычислить уникальный процент SNP в парных образцах крови и кала.Мы проверили избыток уникальных SNP в крови с помощью рангового теста Вилкоксона.

Чтобы количественно оценить потерю гетерозиготности из-за выпадения аллелей, мы вычислили коэффициент инбридинга методом моментов, F для всех пар кровь-кал с равным охватом, используя как индивидуально вызываемые, так и множественные выборки, называемые наборами SNP. F был вычислен с использованием аргумента «--het» в PLINK 28,29 . Ожидается, что наличие отсева приведет к надуванию F . Мы проверили различия в оценках F парных выборок с помощью знакового рангового критерия Вилкоксона.Набор данных не фильтруется на предмет отсутствия, поэтому ошибки секвенирования, которые считаются истинными вариантами, могут завышать оценки гетерозиготности, таким образом снижая значение F .

Чтобы создать строго отфильтрованный набор данных с высокой скоростью генотипирования, мы отфильтровали множественные выборки, называемые SNP, в PLINK 28,29 , сохранив только те, которые были генотипированы не менее чем в 90% образцов, и удалили образцы с генотипами менее 10%. сайтов. Этот отфильтрованный набор был дополнительно сокращен для неравновесия по сцеплению путем перемещения окна из 50 SNP по хромосоме и удаления одного случайного SNP в каждой паре с r 2 > 0.5. Используя все образцы, мы выполнили многомерное масштабирование для визуализации идентичности по состоянию (IBS).

Добавить комментарий

Ваш адрес email не будет опубликован. Обязательные поля помечены *